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切割–粘贴型 DNA 转座子 Sleeping Beauty（SB）广泛用于基因组工程、诱变和基因递送。SB 从基因组供体位点（“起始位点”）发生转座时，倾向于在局部区域（< 2 Mb）重新整合，但决定其从基因组位点发生转座的因素仍未得到充分阐明。本研究分析了小鼠胚胎干细胞中的局部转座实验，以确定染色质环境和转座子携带序列对 SB 转座的影响。位于具有转录活性且可及性较高的染色质中的起始位点，其转座效率较低。较大的携带序列以及转录活性较高的携带序列也会降低转座效率。切除后，局部重新整合模式与起始位点的三维接触频率高度相似，表明染色体折叠是决定转座模式的主要因素。出乎意料的是，我们未发现靶位点染色质组成对重新整合效率有影响。携带序列会改变重新整合模式：含启动子的携带序列会增加极近距离（<10 kb）和染色体间转座；而携带序列中的 CTCF 结合位点则会增加在起始位点所在染色体上的重新整合。总之，这些结果揭示了影响 SB 在染色体中转座的关键因素，并为基于 SB 的基因组工程策略设计提供了依据。
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局部染色质、三维基因组折叠及转座子载荷影响 Sleeping Beauty 转座
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剪切-粘贴型 DNA 转座子 Sleeping Beauty（SB）广泛用于基因组工程、诱变和基因递送。当 SB 从基因组供体位置（“起始位点”）动员时，它倾向于在局部区域（< 2 Mb）重新整合，但决定其从基因组位点发生转座的因素仍未得到充分理解。在此，我们分析了小鼠胚胎干细胞中的局部转座实验，以确定染色质环境和转座子载荷对 SB 转座的影响。位于转录活跃、开放染色质中的起始位点，其转座效率较低。载荷较大或转录活性较高的载荷也会降低转座效率。切除后，局部重新整合模式与起始位点的三维接触频率高度相似，表明染色体折叠是决定转座模式的主要因素。令人意外的是，我们未发现目标染色质组成对重新整合效率有任何影响。载荷序列会改变重新整合模式：含启动子的载荷会增加极近距离（<10 kb）和染色体间转座；而载荷中的 CTCF 结合位点则会增加在起始染色体上的重新整合。综上，这些结果界定了 SB 在染色体中转座的关键决定因素，并为相关设计提供了依据。
基于 SB 的基因组工程策略。
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发布于 2026 年 11 月 3 日。
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局部染色质、三维基因组折叠及转座子载荷共同塑造 Sleeping Beauty 转座
Christina J.I. Moene、Mathias Eder、Lise Dauban、J. Omar Yáñez-Cuna、Acadia A. Kocher、Laurens Eschauzier、Martijn Verkuilen、Vinícius H. Franceschini-Santos、Bas van Steensel
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2026.11.03.763895；
doi：https://doi.org/10.64898/2026.11.03.763895
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局部染色质、三维基因组折叠及转座子载荷共同塑造 Sleeping Beauty 转座
Christina J.I. Moene、Mathias Eder、Lise Dauban、J. Omar Yáñez-Cuna、Acadia A. Kocher、Laurens Eschauzier、Martijn Verkuilen、Vinícius H. Franceschini-Santos、Bas van Steensel
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2026.11.03.763895；
doi：https://doi.org/10.64898/2026.11.03.763895
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关键词：睡美人转座子 · 局部转座 · 染色质可及性 · 三维基因组折叠 · 转座子载荷 · 基因组工程
原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.11.03.763895v1?rss=1