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序列与基因组位置共同决定RNA加工，但在天然位点上，这两者的作用难以区分。本研究通过将RNA加工元件整合至内源转录单元中数万个已定位的位置，并将不同元件整合至相同位置，解耦了二者的作用。基因组位置主导RNA产出水平，但对不同RNA加工事件的影响各异。一个在天然位点仅于U1受到抑制时才被使用的隐蔽多聚腺苷酸化位点，在异位位置上很少被使用。相比之下，在天然位点发生部分保留的内含子，在数千个异位位置上仍保持部分保留，且相当一部分转录本未经剪接便进入细胞质。SON耗竭降低了其中两个内含子的剪接效率，这一效应在靠近核斑的位置尤为明显。染色质状态、GC含量及与核斑的距离可调节这一加工行为，但无法改变其固有特征，且调节方向相反：靠近核斑提高了一个内含子的剪接效率，却降低了另一个内含子的剪接效率。因此，特化内含子是携带自身加工信息的可移植模块。
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摘要
RNA 加工由序列和基因组位置共同决定，但在天然基因座中，这两者很难分离。本文通过将 RNA 加工元件整合到内源性转录单元中数万个已定位的位置，并将不同元件整合到相同位置，从而实现了二者的解耦。基因组位置主导 RNA 的生成水平，但对不同 RNA 加工事件的影响存在差异。一个在天然状态下仅在抑制 U1 时才会被使用的隐匿性多聚腺苷酸化位点，在异位状态下却很少被使用。相比之下，在其天然基因座中部分保留的内含子，在数千个异位位置上仍然保持部分保留状态，其中相当比例的转录本以未剪接状态进入细胞质。SON 耗竭降低了两个此类内含子的剪接效率，而且这种影响在核斑附近更为显著。染色质状态、GC 含量和与核斑的距离能够调节这一行为，但并不能将其完全改写，并且调节方向相反：靠近核斑提高了其中一个内含子的剪接效率，却降低了另一个内含子的剪接效率。因此，特殊化内含子是携带自身加工信息的可迁移模块。
利益冲突声明
作者声明不存在利益冲突。
已声明的资助者信息
诺和诺德基金会
NNF22OC0073967
版权
本预印本的版权持有人为作者/资助方，后者已授予 bioRxiv 一项永久展示该预印本的许可。
本文依据 CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可协议公开提供。
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发布于 2026 年 11 月 2 日。
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基因组背景调节序列编码的 RNA 加工
Mathias L Nielsen、Artyom Tyukaev、Lidia Garkul、Igor Ulitsky
bioRxiv
2026.10.29.762830；
doi：https://doi.org/10.64898/2026.10.29.762830
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基因组背景调节序列编码的 RNA 加工
Mathias L Nielsen、Artyom Tyukaev、Lidia Garkul、Igor Ulitsky
bioRxiv
2026.10.29.762830；
doi：https://doi.org/10.64898/2026.10.29.762830
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关键词：RNA加工 · 基因组位置效应 · 内含子保留 · RNA剪接 · 核斑 · 多聚腺苷酸化
原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.29.762830v1?rss=1