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背景与目的：APOBEC相关诱变在食管鳞状细胞癌（ESCC）中十分突出，但与其肿瘤间变异相关的基因组特征尚未得到充分表征。本研究在考虑突变特征数据组成结构的基础上，探讨了APOBEC相关诱变的基因组相关因素。方法：对来自8个国家的552例ESCC肿瘤进行了突变特征分析。以SBS2与SBS13之和表征APOBEC相关诱变，并分别采用绝对突变数和相对贡献比例进行量化。通过相关性分析、敏感性分析和多变量分析，评估其与共现突变特征、单碱基替换（SBS）总负荷、反复出现的驱动基因改变及国家的关联。此外，还评估了主成分分析和回归模型的稳健性。结果：不同肿瘤的APOBEC突变负荷差异显著（中位数为2,002个突变；四分位距为987–4,346）。基于突变特征比例观察到的若干关联在绝对计数分析中未能保持：SBS1、SBS3和SBS5的关联方向发生反转，表明这些关联对组成数据的表示方式敏感。相比之下，在所考察的所有变量配对中，SBS18始终与APOBEC相关诱变呈负相关：比例与比例（Spearman ρ = −0.527）、APOBEC比例与SBS18绝对计数（r = −0.435），以及绝对计数与绝对计数（Pearson r = −0.319，P = 1.59 × 10⁻¹⁴；Spearman ρ = −0.317）。这些结果来自不同的比较，而非彼此不一致的估计值。值得注意的是，这一全队列层面的关系主要表现为SBS18阴性肿瘤的APOBEC突变负荷高于SBS18阳性肿瘤，而非SBS18阳性肿瘤内部存在连续的负相关关系。多变量模型的样本内R² 为 0.400，但十折交叉验证的表现较低且存在波动（平均 R² = 0.273）。在该模型中，国家变量提供的额外解释信息有限（ΔR² = 0.008；全局 P = 0.402）。ZNF750 突变型肿瘤的 APOBEC 突变负荷高于野生型肿瘤（BH-FDR q = 0.0032），但仅有 12 例肿瘤携带 ZNF750 变异。结论：食管鳞状细胞癌（ESCC）中 APOBEC 相关突变发生的基因组相关因素对突变特征活性的表征方式敏感。SBS18 呈现出最为一致的负相关，而 ZNF750 的关联仍需独立验证。
背景与目的：APOBEC相关诱变在食管鳞状细胞癌（ESCC）中十分显著，但与其肿瘤间变异相关的基因组特征尚未得到充分阐明。我们在考虑突变特征数据组成结构的基础上，研究了与APOBEC相关诱变相关联的基因组因素。
方法：对来自8个国家的552例ESCC肿瘤进行突变特征分析。采用SBS2与SBS13的绝对突变计数之和及比例贡献之和对APOBEC相关诱变进行量化。通过相关性分析、敏感性分析及多变量分析，评估其与共现突变特征、总单碱基替换（SBS）负荷、反复出现的驱动基因改变及国家的关联。此外，还评估了主成分及回归模型的稳健性。
结果：不同肿瘤的APOBEC突变负荷存在显著差异（中位数为2,002个突变；四分位距为987–4,346）。基于突变特征比例观察到的若干关联在绝对计数分析中未能保持：SBS1、SBS3和SBS5的关联方向发生逆转，表明这些关联对组成数据的表示方式敏感。相比之下，在所有考察的变量配对中，SBS18均与APOBEC相关诱变呈负相关：比例与比例之间（Spearman ρ = −0.527）、APOBEC比例与SBS18绝对计数之间（r = −0.435），以及绝对计数与绝对计数之间（Pearson r = −0.319，P = 1.59 × 10⁻¹⁴；Spearman ρ = −0.317）。这些结果来自不同的比较，并非相互矛盾的估计值。值得注意的是，这一全队列层面的关系主要表现为SBS18阴性肿瘤的APOBEC突变负荷高于SBS18阳性肿瘤，而非SBS18阳性肿瘤内部存在连续的负相关关系。该多变量模型的样本内
R²为0.400，但10折交叉验证的表现较低且波动较大（平均R² = 0.273）。国家因素对此模型的解释信息增益有限（ΔR² = 0.008；总体P = 0.402）。与野生型肿瘤相比，ZNF750突变肿瘤的APOBEC突变负荷更高（BH-FDR q = 0.0032），但携带ZNF750变异的肿瘤仅有12例。
结论： ESCC中APOBEC相关突变的基因组学相关因素对突变特征活性的表征方式较为敏感。SBS18表现出最一致的负相关，而ZNF750相关性仍需通过独立研究加以验证。
作者声明不存在利益冲突。
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关键词：食管鳞状细胞癌 · APOBEC相关诱变 · 突变特征分析 · 基因组关联因素 · 组成数据分析
原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.27.762354v1?rss=1