Arena3D 3.0：用于三维探索、分析、注释和共享多层网络的网络服务器

内容形式：摘要译文

多层网络用于描述由多种关系相互连接，或在多种条件下进行测量的生物实体。Arena3D 3.0 是对 Arena3Dweb 的完整重新实现，为每个层在交互式三维场景中提供独立的空间位置。网络可从 STRING、IntAct、OmniPath、NDEx、Reactome 和 Gene Ontology 上传或导入。系统提供 12 种布局，其中 7 种为三维布局，并支持跨层对齐节点副本。层可按照 13 种排列方式绘制为平面或三维容器，其中包括三维蜂巢图。社区和带注释的群组可以彼此分离布局，并以包络线或雾状云的形式勾勒；边还可以进行捆绑。分析功能涵盖节点指标和多层指标、分布分析及扰动分析，并提供弦图、桑基图、热图、UpSet 图和 UMAP 视图。网络可导出至 Cytoscape、Gephi Lite、NORMA 和 JBrowse 2，基因列表可导出至 Flame；此外，REST API 提供程序化访问。Arena3D 3.0 可在 www.arena3d.org 免费使用，无需登录。

关键词：多层网络 · 网络可视化 · 三维网络分析 · 生物网络 · 网络分析工具

原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.23.761450v1?rss=1