双噬菌体感知激活靶向RNA的逆转录酶以实现抗噬菌体防御

由 root 提交于 周五, 10/30/2026 - 08:47
摘要

防御相关逆转录酶(DRT)介导多种抗噬菌体响应,但其如何感知噬菌体感染,并将非经典 DNA 合成与抗病毒效应器激活相耦联,目前仍知之甚少。在此,我们将 DRT4 鉴定为一种双传感器免疫系统,可整合两种不同的噬菌体来源信号。冷冻电镜分析显示,DRT4 组装为由三个二聚体构成的六聚体,其中每个原聚体均可催化蛋白引发、非模板依赖的合成反应,生成共价连接的单链 DNA 产物。DRT4 对嘌呤核苷酸表现出强烈偏好,这一特性由聚合酶活性位点内碱基特异性相互作用所决定。通过噬菌体逃逸遗传学分析,我们鉴定出 DRT4 的两种独立激活因子:噬菌体核糖核苷酸还原酶 NrdAB(可提高细胞内 dNTP 水平),以及可直接结合 DRT4 生成的单链 DNA 的 SSB 样蛋白 0087。激活后的 DRT4 表现出依赖 dNTP 的 RNase 活性,从而将噬菌体感知与 RNA 切割及流产感染相联系。综上,我们的研究表明,DRT4 生成的单链 DNA 是一种信号中间体,可整合噬菌体诱导的代谢变化与对病毒复制蛋白的直接识别,并揭示蛋白引发的 DNA 合成如何被重新利用,以感知感染并激活抗病毒效应器。

防御相关逆转录酶(DRT)介导多种抗噬菌体反应,但其如何感知噬菌体感染,并将非常规 DNA 合成与抗病毒效应因子的激活联系起来,仍未得到充分理解。在此,我们将 DRT4 鉴定为一种双传感器免疫系统,可整合两种不同的噬菌体来源信号。冷冻电镜分析表明,DRT4 组装成由两个三聚体构成的六聚体,其中每个亚基均可催化蛋白引物依赖、模板非依赖的合成,生成共价连接的单链 DNA 产物。DRT4 对嘌呤核苷酸具有显著偏好,这一特性由聚合酶活性位点内的碱基特异性相互作用决定。通过噬菌体逃逸遗传学分析,我们鉴定出 DRT4 的两种独立激活因子:噬菌体核糖核苷酸还原酶 NrdAB(可提高细胞内 dNTP 水平),以及可直接结合 DRT4 生成的单链 DNA 的 SSB 样蛋白 0087。激活后的 DRT4 表现出依赖 dNTP 的 RNase 活性,从而将噬菌体感知与 RNA 切割及流产感染联系起来。综上,我们的研究表明,DRT4 生成的单链 DNA 是一种信号中间体,可整合噬菌体诱导的代谢变化与对病毒复制蛋白的直接识别,揭示了蛋白引物依赖的 DNA 合成如何被重新用于感染感知和抗病毒效应因子激活。

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关键词:防御相关逆转录酶 · 抗噬菌体防御 · 噬菌体感知 · 蛋白引发DNA合成 · RNase活性 · 流产感染

原文链接:https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.27.754916v1?rss=1