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黄病毒科正黄病毒属（Orthoflavivirus）的成员主要是经媒介传播的RNA病毒，可感染人类、其他哺乳动物和鸟类，其中包括蜱传脑炎病毒、西尼罗病毒、寨卡病毒和登革病毒等重要病原体。媒介传播的黄病毒被归入正黄病毒属的真黄病毒亚属（Euflavivirus）；而亲缘关系更为 divergent、且大多尚未分类的昆虫特异性黄病毒——包括细胞融合因子病毒——则被归入第二个亚属，即融合病毒亚属（Fusivirus）。目前已分类的57个正黄病毒物种，传统上主要依据其基因组和抗原相关性、生态特征以及宿主和媒介嗜性进行描述性划分，尽管仍有更多正黄病毒样病毒尚未归类。为探究能否利用固定的遗传分化阈值界定物种，我们分析了已分类正黄病毒的NS5基因和E基因中的成对遗传距离分布；这两个基因分别编码RNA依赖性RNA聚合酶和包膜蛋白。在这两个区域采用0.1的界定阈值，与当前真黄病毒的分类最为简约。例外情况包括蜱传脑炎病毒复合群中的若干物种，其遗传分化低于该阈值；以及目前被归入单一物种、但彼此间遗传分化显著高于该阈值的登革病毒型别。应用所提出的阈值，将能够确立25个新的真黄病毒物种和33个新的融合病毒物种，并协调当前物种分类中的若干异常与不一致之处。采用物种界定阈值可使该分类体系与其他病毒科病毒的分类保持一致。此外，一个稳健且符合进化规律的框架还将为目前大量尚未归类的病毒提供分类归属的依据。缺乏现行物种定义所要求的表型描述的正黄病毒。
黄病毒科正黄病毒属（Orthoflavivirus）的成员主要是经媒介传播的RNA病毒，可感染人类、其他哺乳动物和鸟类，其中包括蜱传脑炎病毒、西尼罗病毒、寨卡病毒和登革病毒等重要病原体。媒介传播的黄病毒被归入正黄病毒属的真黄病毒亚属（Euflavivirus）；而亲缘关系更为 divergent、且大多尚未分类的昆虫特异性黄病毒——包括细胞融合因子病毒——则被归入第二个亚属，即融合病毒亚属（Fusivirus）。目前已分类的57个正黄病毒物种，传统上主要依据其基因组和抗原相关性、生态特征以及宿主和媒介嗜性进行描述性划分，尽管仍有更多正黄病毒样病毒尚未归类。为探究能否利用固定的遗传分化阈值界定物种，我们分析了已分类正黄病毒的NS5基因和E基因中的成对遗传距离分布；这两个基因分别编码RNA依赖性RNA聚合酶和包膜蛋白。在这两个区域采用0.1的界定阈值，与当前真黄病毒的分类最为简约。例外情况包括蜱传脑炎病毒复合群中的若干物种，其遗传分化低于该阈值；以及目前被归入单一物种、但彼此间遗传分化显著高于该阈值的登革病毒型别。应用所提出的阈值，将能够确立25个新的真黄病毒物种和33个新的融合病毒物种，并协调当前物种分类中的若干异常与不一致之处。采用物种界定阈值可使该分类体系与其他病毒科病毒的分类保持一致。此外，一个稳健且符合进化规律的框架还将为目前大量尚未归类的病毒提供分类归属的依据。
缺乏现行物种定义所要求的表型描述的正黄病毒。
作者声明不存在竞争性利益。
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关键词：正黄病毒 · 病毒分类学 · 系统基因组学 · 物种界定 · 遗传距离
原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.21.760428v1?rss=1