差异 k-mer 分布可用于鉴定四足动物亚端部异染色质|北京沫之东生物技术有限公司

2 次围观

摘要

亚端部异染色质是基因组中的动态区域，富含重复序列，并且在同一物种的不同个体之间呈现结构差异。随着基因组测序技术的发展，这些区域首次得以在包括爪蟾属（Xenopus）在内的多个类群中进行组装。我们开发了一种基于 k-mer 的算法，能够识别此前已表征的亚端部卫星重复序列，以及二倍体灵长类和热带爪蟾（X. tropicalis）中密度较低的卫星重复序列。将该算法应用于异源四倍体非洲爪蟾（Xenopus laevis）基因组后，我们发现，其亚端部异染色质区域包含古老的亚基因组特异性重复序列；这些序列起源于非洲爪蟾的祖先仍为不同物种之时。这一模式对灵长类中提出的模型构成挑战：该模型认为，异位重组会促使非同源染色体共享重复序列。

差异 k-mer 分布可用于识别四足动物亚端异染色质 | bioRxiv

跳至正文

首页

关于

投稿

提醒 / RSS

搜索关键词

高级搜索

最新结果

差异 k-mer 分布可用于识别四足动物亚端异染色质

Robert Dalipovic，

查看 ORCID 个人资料

Adam M Session

doi：

https://doi.org/10.64898/2026.10.19.760198

Robert Dalipovic

宾厄姆顿大学；

在 Google Scholar 中查找该作者

在 PubMed 中查找该作者

在本站搜索该作者

Adam M Session

纽约州立大学宾厄姆顿分校

在 Google Scholar 中查找该作者

在 PubMed 中查找该作者

在本站搜索该作者

Adam M Session 的 ORCID 记录

通信作者：

adamsession{at}berkeley.edu

摘要

信息/历史

指标

补充材料

PDF 预览

摘要

亚端异染色质是基因组中的动态区域，富含重复序列，且同一物种不同个体之间的结构存在差异。随着基因组测序技术的发展，这些区域首次得以在许多类群中完成组装，例如爪蟾属。我们开发了一种基于 k-mer 的算法，能够识别此前已表征的亚端卫星序列，以及二倍体灵长类和热带爪蟾中的低密度卫星序列。将该算法应用于异源四倍体非洲爪蟾基因组后，我们发现，亚端异染色质区域包含古老的亚基因组特异性重复序列；这些序列起源于非洲爪蟾的祖先物种尚为不同物种之时。这一模式对灵长类中提出的模型构成挑战。该模型认为，异位重组会驱使非同源染色体共享重复序列。

利益冲突声明

作者声明不存在利益冲突。

版权

本预印本的作者/资助方已授予 bioRxiv 永久展示该预印本的许可。

本内容依据 CC-BY 4.0 国际许可协议公开。

返回顶部

发布于 2026 年 10 月 24 日

下载 PDF

补充材料

电子邮件

感谢您有兴趣帮助传播 bioRxiv 的内容。

注意：我们仅要求提供您的电子邮件地址，以确认您是本文的发送者。

您的电子邮件地址

您的姓名

收件人

请输入多个地址，每行一个，或以逗号分隔。

您即将向以下对象发送电子邮件

差异 k-mer 分布可用于识别四足动物亚末端异染色质

邮件主题

（您的姓名）向您转发了 bioRxiv 上的一个页面

邮件正文

（您的姓名）认为您可能想看看 bioRxiv 网站上的这个页面。

您的个人留言

验证码

此问题用于测试您是否为真人访客，并防止自动垃圾信息提交。

差异 k-mer 分布可用于识别四足动物亚末端异染色质

Robert Dalipovic，

Adam M Session

bioRxiv

2026.10.19.760198；

doi：https://doi.org/10.64898/2026.10.19.760198

分享本文：

复制

引文工具

差异 k-mer 分布可用于识别四足动物亚末端异染色质

Robert Dalipovic，

Adam M Session

bioRxiv

2026.10.19.760198；

doi：https://doi.org/10.64898/2026.10.19.760198

引文管理器格式

BibTeX

Bookends

EasyBib

EndNote（标记格式）

EndNote 8（xml）

Medlars

Mendeley

Papers

RefWorks（标记格式）

Ref Manager

RIS

Zotero

推文组件

Facebook 点赞

Google Plus +1

学科领域

所有文章

动物行为与认知（8164）

生物化学（19027）

生物工程（15171）

生物信息学（45360）

生物物理学（22958）

癌症生物学（20118）

细胞生物学（27313）

临床试验

（138）

发育生物学

（14148）

生态学

（21400）

流行病学

（2067）

进化生物学

（25815）

遗传学

（16349）

基因组学

（23845）

免疫学

（19031）

微生物学

（43200）

分子生物学

（18346）

神经科学

（95149）

古生物学

（713）

病理学

（3035）

药理学与毒理学

（5200）

生理学

（8287）

植物生物学

（16272）

科学传播与教育

（2116）

合成生物学

（4647）

系统生物学

（10389）

动物学

（2427）

关键词：k-mer分析 · 亚端部异染色质 · 卫星重复序列 · 四足动物基因组 · 亚基因组特异性重复

原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.19.760198v1?rss=1

来源出处

差异 k-mer 分布可用于鉴定四足动物亚端部异染色质 https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.19.760198v1?rss=1