扩展 gmx_MMPBSA 的功能，实现基于 GROMACS 和 AMBER 的终态结合自由能计算

内容形式：摘要译文

gmx_MMPBSA 是一款用于进行终态结合自由能计算的端到端工具。本文介绍了 gmx_MMPBSA 套件的多项改进，旨在简化计算准备流程、扩展计算选项并改进结果分析。新增功能包括 GBNSR6 和非线性 PB 模型、二阶累积量（C2）熵估算、显式结构水的纳入，以及多个丙氨酸/甘氨酸突变。我们还推出了新的入口程序 amber_MMPBSA，可读取原生 AMBER 输入文件，使 AMBER 用户也能使用 gmx_MMPBSA 的计算与分析功能。重新设计的图形分析器 gmx_MMPBSA_ana 和现代化的 Python API，有助于探索大型数据集并比较多个体系。我们通过一组多样的生物分子复合物（蛋白质–蛋白质、蛋白质–RNA、蛋白质–小分子、DNA–小分子）展示了 gmx_MMPBSA 的新增功能，并说明在不同方法学选择下，各体系的计算结合能会如何变化。源代码可在 https://github.com/Valdes-Tresanco-MS/gmx_MMPBSA 获取。

关键词：结合自由能计算 · 分子动力学模拟 · 分子对接分析 · GROMACS · AMBER

原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.24.761505v1?rss=1