经典模式线虫 Panagrellus redivivus 的染色体水平基因组组装：用于寄生演化的比较研究

内容形式：摘要译文

Panagrellus redivivus 是一种自由生活的线虫，在秀丽隐杆线虫（Caenorhabditis elegans）成为模式系统之前，曾作为线虫生物学研究的早期模式生物。作为第IV类群（Clade IV）的成员，该类群包含多种重要的植物寄生线虫（如松材线虫，Bursaphelenchus xylophilus）和动物寄生线虫（如类圆线虫属，Strongyloides spp.），P. redivivus 因而代表了一个与寄生种具有较近系统发育关系的关键非寄生参考物种，可用于探究寄生性的演化。在此，我们利用 Oxford Nanopore 长读长测序、Illumina 短读长测序以及 Hi-C 染色体构象捕获技术，构建了 P. redivivus 的染色体水平基因组组装。该组装解析为5条染色体尺度的支架，其完整性通过 Hi-C 接触图以及非典型端粒重复基序的鉴定得到验证。该组装表现出较高的基因空间完整性（BUSCO完整度为97.1%），并包含17,839个预测的蛋白质编码基因。比较直系同源关系分析显示，P. redivivus 与第IV类群寄生线虫之间存在广泛的直系同源群共享，从而能够在减少深层谱系分化所造成混杂效应的情况下开展比较进化研究。该高质量基因组为研究包括卵胎生在内的独特生物学性状的遗传基础，以及基因家族动态和寄生性演化提供了重要资源。

关键词：Panagrellus redivivus · 染色体水平基因组组装 · 比较基因组学 · 线虫 · 寄生性演化

原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.22.761182v1?rss=1