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酸模病原菌 *Teratoramularia rumicicola* 是一种候选微生物除草剂，但其功能基因组构成及不同分离株间的变异仍缺乏深入研究。我们为 TR4 构建了 PacBio HiFi 参考基因组和经证据支持的基因注释，并为 GR1 构建了短读长组装，随后采用基于组装和测序读段的分析方法比较这两个分离株。TR4 和 GR1 的核基因组组装大小分别为 22.34 Mb（13 条重叠群；N50 为 2.90 Mb）和 21.23 Mb（486 条重叠群；N50 为 0.350 Mb）。TR4 注释预测出 8,898 个蛋白质编码基因；在通用单拷贝直系同源基因基准评估中，代表性蛋白集的完整度为 96.7%。功能注释鉴定出 593 个推定分泌蛋白、258 个候选效应子、355 个碳水化合物活性酶（CAZyme）候选蛋白，以及 20 个预测的次级代谢产物生物合成区域。根据预测活性及其与病原体—宿主互作数据库（Pathogen-Host Interactions database）中毒力相关条目的同源性，筛选出 7 个分泌型 CAZyme，作为可能参与宿主屏障互作的因子。尽管比对区域的平均核苷酸一致性达到 99.81%，基于测序读段的比较仍鉴定出 28,040 个高置信度、在分离株间固定的差异。在重建的 158 个 GR1 候选等位基因中，147 个获得了强有力的组装证据支持。值得注意的差异包括：两个 Zn(II)₂Cys₆ 型转录因子出现预测截短，其中一个邻近一个完整的非核糖体肽合酶样核心基因；此外，另有一个基因呈现局部化的重复诱导点突变（RIP）样替换模式，并预测会发生提前终止。总体而言，这些资源和候选基因座为研究致病性及菌株变异奠定了基础，并有助于微生物除草剂的开发。
Teratoramularia rumicicola 中全基因组保守性与位点特异性编码变异：一种用于防除 Rumex 杂草的候选微生物除草剂 | bioRxiv
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Teratoramularia rumicicola 中全基因组保守性与位点特异性编码变异：一种用于防除 Rumex 杂草的候选微生物除草剂
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Masataka Izumi，
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Tomomasa Oka
doi：
https://doi.org/10.64898/2026.10.17.759301
Masataka Izumi
1
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Tomomasa Oka
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Rumex 病原菌 Teratoramularia rumicicola 是一种候选微生物除草剂，但其功能基因组特征及不同分离株间的变异尚未得到充分表征。我们为 TR4 构建了 PacBio HiFi 参考基因组并进行了证据支持的基因注释，同时为 GR1 构建了短读长组装结果；随后采用基于组装和基于测序读段的分析方法对这两个分离株进行了比较。TR4 和 GR1 的核基因组组装大小分别为 22.34 Mb（13 条重叠群；N50 为 2.90 Mb）和 21.23 Mb（486 条重叠群；N50 为 0.350 Mb）。TR4 注释预测出 8,898 个蛋白质编码基因；在通用单拷贝直系同源基因基准评估中，代表性蛋白质集的完整度为 96.7%。功能注释鉴定出 593 种推定分泌蛋白、258 个候选效应子以及 355 种碳水化合物活性酶】【。
（CAZyme）候选基因及20个预测的次级代谢产物生物合成区域。根据预测活性及其与病原体—宿主互作数据库中毒力相关条目的同源性，优先筛选出7种分泌型CAZyme，作为可能与宿主屏障相关的因子。尽管比对区域的平均核苷酸一致性达99.81%，基于测序读段的比较仍鉴定出28,040个高置信度、在分离株中固定存在的差异。在重建的158个候选GR1等位基因中，147个具有强有力的组装支持。值得注意的差异包括：两个Zn(II)2Cys6转录因子的预测截短，其中一个毗邻一条完整的非核糖体肽合酶样核心基因；此外，另有一个基因呈现局部化的重复诱导点突变（RIP）样替换模式，并被预测发生提前终止。上述资源及候选基因座为研究与微生物除草剂开发相关的致病性和菌株变异奠定了基础。
利益冲突声明
作者声明不存在利益冲突。
脚注
https://doi.org/10.5281/zenodo.23333868
已声明的资助信息
日本学术振兴会
，JP25K23640
，JP24KJ1012
版权
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发布于2026年10月22日。
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*Teratoramularia rumicicola* 的全基因组保守性与特定位点编码变异：一种针对酸模属杂草的候选微生物除草剂
Masataka Izumi、Tomomasa Oka
bioRxiv
2026.10.17.759301；doi：https://doi.org/10.64898/2026.10.17.759301
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*Teratoramularia rumicicola* 的全基因组保守性与特定位点编码变异：一种针对酸模属杂草的候选微生物除草剂
Masataka Izumi、Tomomasa Oka
bioRxiv
2026.10.17.759301；doi：https://doi.org/10.64898/2026.10.17.759301
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关键词：真菌基因组组装 · 比较基因组学 · 效应子预测 · 菌株遗传变异 · 微生物除草剂
原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.17.759301v1?rss=1