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核糖体谱分析是一种强大的方法，可在全转录组范围内监测体内翻译活性，但其应用受到实验流程耗时、依赖专用设备以及核糖体保护片段（RPF）回收效率低等因素的限制。为克服这些挑战，我们开发了 RAPPL-Seq，这是一种基于磁珠的亲和捕获方法，可快速、高效地分离 RPF。RAPPL-Seq 回收效率高、处理时间短，且在起始材料有限的情况下仍能稳定运行。该方法适用于多种样本类型，包括细胞系、原代组织和人体生物样本。RAPPL-Seq 还可与翻译抑制剂联用，用于表征具有抑制剂特异性和组织特异性的 mRNA 翻译。RAPPL-Seq 能够高效捕获患者活检样本中胶质母细胞瘤（GBM）及其邻近非肿瘤脑组织的翻译组。综上，这些研究结果表明，RAPPL-Seq 是一种简便、易于推广且高度灵敏的方法，可将翻译组研究拓展至稀缺的实验样本和临床样本，为揭示机制和发现治疗方法开辟了新途径。
chun-kan{at}wustl.edu
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摘要
核糖体测序是一种强大的方法，可在体内对全转录组范围的翻译活性进行监测，但其应用受到流程耗时、依赖专用设备以及核糖体保护片段（RPF）回收效率低等因素的限制。为克服这些挑战，我们开发了 RAPPL-Seq，这是一种基于磁珠的亲和捕获方法，可快速、高效地分离 RPF。RAPPL-Seq 回收效率高、处理时间短，并且在起始样本量有限时仍具有稳健的性能。该方法适用于多种样本类型，包括细胞系、原代组织和人体生物样本。RAPPL-Seq 还可与翻译抑制剂联合使用，以表征抑制剂和组织特异性的 mRNA 翻译。RAPPL-Seq 高效捕获了患者活检样本中胶质母细胞瘤（GBM）及邻近非肿瘤脑组织的翻译组。综上，这些研究结果确立了 RAPPL-Seq 作为一种简便、易于普及且高度灵敏的方法，可将翻译组研究拓展至稀缺的实验样本和临床样本，为深入揭示机制和发现治疗新策略开辟了新途径。
利益冲突声明
圣路易斯华盛顿大学已基于本研究提交国际专利申请，申请号：PCT/US2025/046232，专利名称为“核糖体及相关分子的快速分离”；J.E.、S.P.D.、C.-K.C. 和 S.D. 被列为共同发明人。
已申报的资助信息
美国国立卫生研究院（NIH），R00HG011475
美国国立卫生研究院（NIH），1R35GM165632
美国国立卫生研究院（NIH），R35GM167503
美国国家癌症研究所（NCI），U01CA305187
陈·扎克伯格神经退行性疾病倡议
Siteman 癌症中心投资奖
加拿大卫生研究院（CIHR），PJT-581421
加拿大首席研究卓越基金，D2R-FDN2-A2-95
瑞典研究理事会，
2025-03216
瑞典癌症协会
，25 4545 Pj
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保留所有权利。未经许可不得重复使用。
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发布于 2026 年 10 月 21 日。
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RAPPL-Seq 实现对稀少样本的快速、高灵敏度核糖体分析
Ajin
Park
，
Krzysztof J.
Szkop
，
Chaehee
Lim
，
Jessey
Erath
，
Jiayi
Huang
，
Dimitrios
Mathios
，
Zhiyu
Dai
，
Xueyan
He
，
Slavica
Pavlovic-Djuranovic
，
Ola
Larsson
，
Ivan
Toposiviric
，
Sergej
Djuranovic
，
Chun-Kan
Chen
bioRxiv
2026.10.20.760540；
doi：
https://doi.org/10.64898/2026.10.20.760540
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RAPPL-Seq 实现对稀少样本的快速、高灵敏度核糖体分析
Ajin
Park
，
Krzysztof J.
Szkop
，
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Jessey
Erath
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Huang
，
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Mathios
，
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Pavlovic-Djuranovic
，
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Larsson
，
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2026.10.20.760540；
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https://doi.org/10.64898/2026.10.20.760540
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关键词：RAPPL-Seq · 核糖体谱分析 · 翻译组 · 核糖体保护片段 · 稀少样本分析
原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.20.760540v1?rss=1