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鳄梨（Persea americana Mill.）具有雌雄异熟特性：每朵花先以雌性阶段开放，随后进入雄性阶段；其栽培品种分为两种互补的开花类型，即 A 型和 B 型，类型由转录因子 SDMYB 决定，其显性等位基因赋予 A 型。目前已有的鳄梨基因组均来自 A 型栽培品种。本研究报道了 Thille 的染色体水平基因组；Thille 是一种用于育种的 B 型栽培品种。基于 72.2 Gb PacBio HiFi 测序读段（覆盖度为 81×）和 Omni-C 数据，该组装将 859.8 Mb 序列定位至 12 条染色体，占预期 896 Mb 基因组的 96%；NG50 为 84.5 Mb，共识序列质量 QV 为 69.95，完整 BUSCO 基因为 97.3%；重复序列占组装的 64.0%，预测得到 35,386 个蛋白质编码基因。我们将 Thille 与 A 型栽培品种 Hass 和 Puebla（以危地马拉种质为主的杂交品种），以及一个西印度群（WI）种质材料进行了比较；该材料属于低地植物学类群，其开花类型尚未见报道。不同组装之间存在大型结构重排，包括 Hass 特有的 12 号染色体上一个 18.8 Mb 倒位。通过使用分相测序读段和单倍型组装，我们重建了在 A 型与 B 型 Fst 扫描中筛选出的候选开花基因的等位基因。WI 的两个单倍型均携带 Thille 中发现的隐性 SDMYB 等位基因；结合本研究结果及此前关于 SDMYB 的研究，我们预测该 WI 种质材料为 B 型。包括 SDMYB 在内的六个基因携带一种等位基因，该等位基因存在于三个 A 型栽培品种中，而在 Thille 和 WI 中均未发现。该基因组及 HiFi 测序读段已存入 BioProject PRJNA1142556。
Thille：鳄梨 B 型开花基因组的染色体水平组装，以及候选开花类型位点的结构与等位变异 | bioRxiv
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Thille：鳄梨 B 型开花基因组的染色体水平组装，以及候选开花类型位点的结构与等位变异
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Mary Lu Arpaia
doi：
https://doi.org/10.64898/2026.10.12.756161
Edwin Solares
1
加州大学戴维斯分校计算机科学系，美国加利福尼亚州戴维斯，邮编 95616；加州大学圣迭戈分校计算机科学与工程系，美国加利福尼亚州拉霍亚，邮编 92093；ESB AI Lab，美国加利福尼亚州圣迭戈，邮编 92116；
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Edward Tang
2
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Nichole Mora
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Rosa Figueroa-Balderas
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加州大学戴维斯分校葡萄栽培与酿酒学系，美国加利福尼亚州戴维斯，邮编 95616；
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Eric Focht
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加州大学河滨分校植物学与植物科学系，美国加利福尼亚州河滨，邮编 92521；
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Dario Cantu
7
加州大学戴维斯分校葡萄栽培与酿酒学系，美国加利福尼亚州戴维斯，邮编 95616；加州大学戴维斯分校基因组中心，美国加利福尼亚州戴维斯，邮编 95616
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Mary Lu Arpaia
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加州大学河滨分校植物学与植物科学系，美国加利福尼亚州河滨，邮编 92521；
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鳄梨（Persea americana Mill.）具有异型雌雄异熟性：每朵花开放
首先以雌性、随后以雄性开花，栽培品种则分为两种互补的开花类型，即A型和B型，这两种类型由转录因子SDMYB决定，其显性等位基因赋予A型性状。迄今为止，鳄梨基因组测序工作所采用的材料均来自A型栽培品种。在此，我们报道了Thille的染色体水平基因组；Thille是一种用于育种的B型栽培品种。基于72.2 Gb的PacBio HiFi测序数据（覆盖度为81×）和Omni-C数据，组装结果将859.8 Mb序列定位于12条染色体上，占预期896 Mb基因组的96%；其NG50为84.5 Mb，共识序列质量值（QV）为69.95，BUSCO基因完整度为97.3%。重复序列占组装基因组的64.0%，共预测得到35,386个蛋白质编码基因。我们将Thille与A型栽培品种Hass和Puebla、以危地马拉种质为主的杂交品种，以及一个西印度群（West Indian，WI）种质进行了比较；后者属于低地植物学类群，其开花类型尚未有报道。不同组装基因组之间存在大型结构重排，其中包括Hass特有的、位于12号染色体上的18.8 Mb倒位。利用相位化测序读段和单倍型组装结果，我们重建了基于A型与B型间Fst扫描所筛选出的候选开花基因的等位基因。WI种质的两个单倍型均携带Thille中发现的隐性SDMYB等位基因；基于本研究及此前关于SDMYB的研究，我们预测该WI种质属于B型。包括SDMYB在内的6个基因携带一种在全部3个A型栽培品种中共有、而在Thille和WI中缺失的等位基因。该基因组及HiFi测序读段已通过BioProject PRJNA1142556公开。
利益冲突声明
作者声明不存在利益冲突。
脚注
https://github.com/ESB-AI-Lab/thille-genome
资助者信息声明
加利福尼亚大学校长办公室，
加利福尼亚大学校长博士后奖学金项目
美国国家科学基金会，
，21868-ACCESS-MCB180035
Eurosemillas，S.A.
美国国家食品与农业研究所，农业与食品研究倡议
，资助编号：2021-67013-34237
版权
本预印本的版权所有者为作者/资助方，其已授予 bioRxiv 一项永久展示该预印本的许可。
该预印本依据
CC-BY-ND 4.0 国际许可协议
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发布于2026年10月18日。
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Mora
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Rosa
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，
Eric
Focht
，
Dario
Cantu
，
Mary Lu
Arpaia
bioRxiv
2026.10.12.756161；
doi：
https://doi.org/10.64898/2026.10.12.756161
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《Thille：染色体水平的B型鳄梨基因组，以及候选开花类型基因座的结构变异和等位基因变异》
Edwin
Solares
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Edward
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布里安娜·桑切斯、加文·西蒙斯、凯瑟琳·陈、扎卡里·霍姆、妮科尔·莫拉、罗莎·菲格罗亚-巴尔德拉斯、埃里克·福赫特、达里奥·坎图、玛丽·卢·阿尔派亚
bioRxiv
2026.10.12.756161；
doi：https://doi.org/10.64898/2026.10.12.756161
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关键词：鳄梨基因组 · 染色体水平组装 · SDMYB基因 · 开花类型 · 等位基因变异 · 结构变异
原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.12.756161v1?rss=1