U-Chrom：单细胞与空间三维基因组数据的统一框架

内容形式：摘要译文

单细胞 Hi-C、空间 Hi-C 和染色质示踪技术以彼此不兼容的格式测量相同的基因组。ChromData 作为一种数据模型，按细胞和基因组区间对这三类数据进行统一索引；基于该模型构建的开源工具包、关联浏览器和包含 22 个数据集的图谱也由此发展而来。将其应用于来自上述三种测定方法的 10 个小鼠脑数据集后，采用相同的分析方法能够以相似的方式，根据短程相对于长程的邻近性对细胞类型进行排序；基于接触数据的重建结果在很大程度上将细胞类型差异定位于成像所显示的区域。

关键词：单细胞三维基因组 · 空间Hi-C · 染色质示踪 · 基因组数据整合 · ChromData · 细胞类型分析

原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.18.759996v1?rss=1