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金属离子是最常见的酶辅因子之一，然而，金属的利用情况仍缺乏系统解析。在本研究中，我们提出了 N-Zinclopedia，这是一个涵盖蛋白质折叠空间中预测的过渡金属结合位点及候选金属酶的图谱。N-Zinclopedia 收录了与过渡金属配位相容的蛋白质位点，这些位点通过对蛋白质结构模型数据库进行 ZincSight 筛选而鉴定。我们聚焦于此前尚未得到表征的结构域和蛋白质，在超过一百万个此类对象中筛选过渡金属结合位点，所涉及的蛋白质既包括注释较少的折叠，也包括经典折叠。此外，我们利用 MAHOMES-II 对预测位点进行了分类，将其划分为候选催化性或非催化性金属结合位点。对一个此前未知的锌结合位点进行实验表征，证实了 ZincSight 能够鉴定先前未被注释的锌结合位点。N-Zinclopedia 显著拓展了已知的金属利用图谱，并提供了大量有待实验检验的预测结果。N-Zinclopedia 可访问：https://bentallab.github.io/nzinclopedia】【。
bental{at}tauex.tau.ac.il
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摘要
金属离子是最常见的酶辅因子之一，但目前对金属利用情况的了解仍十分有限。在此，我们介绍 N-Zinclopedia——一个涵盖整个蛋白质折叠空间的预测性过渡金属结合位点及候选金属酶图谱。N-Zinclopedia 收录了与过渡金属配位相容的蛋白质位点，这些位点通过对蛋白质结构模型数据库进行 ZincSight 筛选而识别。我们重点研究了此前尚未表征的结构域和蛋白质，在超过一百万个此类对象中筛选过渡金属结合位点，覆盖注释不充分的折叠以及经典折叠。随后，我们利用 MAHOMES-II 对预测位点进行分类，将其划分为候选催化性或非催化性金属结合位点。对一个此前未知的锌结合位点进行实验表征，证实了 ZincSight 能够识别此前未被注释的锌结合位点。N-Zinclopedia 显著拓展了已知的金属利用图景，并提供了大量有待实验检验的预测结果。N-Zinclopedia 可访问：https://bentallab.github.io/nzinclopedia。
利益冲突声明
作者声明不存在利益冲突。
脚注
https://bentallab.github.io/nzinclopedia/
已声明的资助信息
以色列科学基金会
，1764/21
Minerva 基金会
特拉维夫大学 Abraham E. Kazan 结构生物学讲席
特拉维夫大学 Edmond J. Safra 生物信息学中心
美国国家科学基金会（NSF）
，2226804
版权
本预印本的版权所有者为作者/资助方，其已授予 bioRxiv 永久展示该预印本的许可。
该预印本依据 CC-BY 4.0 国际许可协议提供。
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发布于
2026年10月19日。
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N-Zinclopedia：预测的过渡金属结合位点和金属酶数据库
Gilad
Mechtinger
，
Gabriel
Axel
，
Larson
Marcellino
，
Alexander
M. Bowman
，
Joanna
Slusky
，
Nir
Ben-Tal
bioRxiv
2026.10.18.759936；
doi：
https://doi.org/10.64898/2026.10.18.759936
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2026.10.18.759936；
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关键词：过渡金属结合位点 · 金属酶 · 蛋白质结构预测 · 锌结合位点 · 生物信息数据库
原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.18.759936v1?rss=1