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DNA复制时序程序，即基因组位点发生复制的时间顺序，对于维持基因组稳定性至关重要。在人类细胞中，通常采用 Repli-seq 测定复制时序；该方法揭示，人类基因组被划分为复制时序结构域，分别在 S 期早期或晚期进行复制。这些时序结构域与基因表达、染色质凝缩以及基因组三维组织相关。尤其是在复制压力下，晚复制结构域可能成为基因组不稳定性的热点。由于疟原虫具有特殊的细胞周期，Repli-seq 无法用于恶性疟原虫（Plasmodium falciparum），因此其基因组是否划分为复制时序结构域，以及这可能如何影响该寄生虫的进化，仍是悬而未决的问题。在此，我们结合 Oxford Nanopore Technologies 长读长 DNA 测序与 DNAscent，首次确定了恶性疟原虫的复制时序程序。我们展示了该程序与 DNA 断裂率升高及复制叉停滞之间的关系，并预测这些停滞主要是短暂的。
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摘要
DNA 复制时序程序定义了基因组位点复制的时间顺序，对于维持基因组稳定性至关重要。在人类细胞中，通常使用 Repli-seq 测定 DNA 复制时序。该方法显示，人类基因组被划分为在 S 期早期或晚期复制的复制时序结构域。这些时序结构域与基因表达、染色质压缩以及三维基因组组织相关。尤其是，在复制压力下，晚复制结构域可能成为基因组不稳定的热点。由于疟原虫具有不同寻常的细胞周期，Repli-seq 无法用于恶性疟原虫（Plasmodium falciparum），因此其基因组是否划分为复制时序结构域，以及这会如何影响该寄生虫的进化，仍是一个悬而未决的问题。在此，我们结合 Oxford Nanopore Technologies 长读长 DNA 测序与 DNAscent 的优势，首次测定了恶性疟原虫的 DNA 复制时序程序。我们展示了该程序与较高的 DNA 断裂率和复制叉停滞之间的关系，并预测这些停滞大多是暂时性的。
利益冲突声明
MB 持有一项由 BBSRC 与 Oxford Nanopore Technologies 联合资助的产业合作伙伴奖（UKRI1912）。
已申报的资助信息
Leverhulme Trust，RPG-2022-028
Medical Research Council，MR/W031442/1
Biotechnology and Biological Sciences Research Council，UKRI1912
British Division of the International Academy of Pathology
European Research Council，ERC-2016-COG 725126
Engineering and Physical Sciences Research
Council
，EP/T022159/1
版权
本预印本的版权持有人为作者/资助方，其已授予 bioRxiv 永久展示该预印本的许可。
本预印本依据 CC-BY 4.0 国际许可协议提供。
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发布于 2026 年 10 月 16 日。
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2026.10.12.758579；
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关键词：恶性疟原虫 · DNA复制时序 · 纳米孔测序 · 复制叉停滞 · 基因组稳定性
原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.12.758579v1?rss=1