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内容形式：摘要译文
AlphaGenome 变异影响（AlphaGenome Variant Impact，AVI）评分依据预测影响对变异进行排序，其开发者报告称，在内含子 ClinVar 变异上，该评分较其他全基因组评分有显著提升。我们在开发者未使用的两类真实标签上测试了 AVI，并在评分前制定了分析方案：开发者所用 ClinVar 版本发布之后作出的 ClinVar 分类（87,666 个罕见单核苷酸变异，且位于 AVI 训练所用染色体之外），以及六项剪接实验中的变异（这些变异并非由任何预测器挑选）。对于距离外显子至少 3 个碱基的内含子变异（449 个致病或可能致病变异，28,188 个良性或可能良性变异），AVI 的受试者工作特征曲线下面积（AUROC）为 0.957。其表现与 SpliceAI（差值 −0.005，95% 区间 −0.017 至 0.006）或 Pangolin（−0.006，−0.018 至 0.007）未见可检测的差异；两个区间均排除了约 0.02 以上的差异。AVI 的 AUROC 高于 CADD（+0.071）。在深部内含子变异中，AVI 的表现低于 SpliceAI（−0.070，−0.118 至 −0.026）。根据经调整的 ClinGen 校准方法，在合并测试集上，AVI 对 52% 的致病变异给出了强证据，但其证据等级并非在所有区域都适用。AVI 对 24% 的良性变异给出了良性证据，而 SpliceAI 为 90%。在各项实验中，AVI 对影响剪接的变异排序不及原始 SpliceAI（合并差值 −0.089，−0.129 至 −0.049），且与屏蔽版 SpliceAI 无显著差异（+0.003）。研究期间发布的 SpliceAI2 在两类真实标签上均优于 AVI。就 AUROC 而言，AVI 未能胜过剪接预测器，且提供的良性证据有限。AlphaGenome 的输出仅供研究使用，不应作为诊断决策的依据。
关键词：AlphaGenome变异评分 · SpliceAI · 剪接变异预测 · ClinVar变异分类 · 预测性能评估
原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.11.758362v1?rss=1