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空间转录组学已发现，AIF1、LIF、MRC1和TNC在结直肠癌的肿瘤出芽（TB）区域中富集。我们探究了能否在整体转录组数据中检测到这一TB相关基因模块。采用Fisher精确检验并进行Benjamini-Hochberg校正，分别在整体RNA测序数据（TCGA-COADREAD，n=547）和单细胞RNA测序数据（GSE178341，n=26,057个细胞）中分析基因的两两共现。在整体RNA测序数据中，基因两两共现的富集倍数较低（1.16至2.72），其中AIF1与LIF之间未见显著关联（富集倍数［FE］=1.16，错误发现率［FDR］=0.31）。在单细胞数据中，相同基因对的共现富集倍数为31至184.5（所有FDR均<8×10⁻³⁸）。总唯一分子标识符（UMI）计数未提供证据表明，这些共同检出模式可由双细胞伪影解释。对HCT116细胞开展的探索性增强子–启动子相互作用分析进一步提示，这些基因受到不同的调控。苹果酸–天冬氨酸穿梭系统中的两个基因GOT1和MDH1在晚期结直肠癌（CRC）中的表达较低（FDR≤0.010）。基于整体转录组数据构建的风险评分显示出较弱的关联（Cox风险比［HR］=1.21，p=0.021）。总体而言，与整体转录组分辨率相比，在单细胞分辨率下能够更清晰地检测到TB相关共表达，这凸显了在研究肿瘤微环境相关基因特征时转录组分辨率的重要性。
结直肠癌中肿瘤出芽相关基因特征的跨平台评估 | bioRxiv
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结直肠癌中肿瘤出芽相关基因特征的跨平台评估
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Sarkar
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空间转录组学研究已发现，AIF1、LIF、MRC1 和 TNC 在结直肠癌的肿瘤出芽（TB）区域中富集。我们研究了能否在总体转录组数据中检测到这一 TB 相关基因模块。采用 Fisher 精确检验并进行 Benjamini–Hochberg 校正，在总体 RNA 测序数据（TCGA-COADREAD，n=547）和单细胞 RNA 测序数据（GSE178341，n=26,057 个细胞）中分析基因的两两共现。在总体 RNA 测序数据中，两两富集倍数较低（1.16 至 2.72），其中 AIF1 与 LIF 之间未见显著关联（富集倍数 FE=1.16，错误发现率 FDR=0.31）。在单细胞数据中，相同基因对的富集倍数为 31 至 184.5（所有 FDR 均 < 8×10⁻³⁸）。总唯一分子标识符（UMI）计数未提供证据表明，这些共同检出模式可由双细胞伪影解释。对 HCT116 细胞中增强子–启动子相互作用的探索性分析进一步提示，这些基因受到不同的调控。GOT1 和
MDH1 这两个苹果酸-天冬氨酸穿梭相关基因在晚期结直肠癌（CRC）中的表达较低（FDR ≤ 0.010）。基于整体转录组数据构建的风险评分显示出较弱的关联（Cox HR = 1.21，p = 0.021）。总体而言，与整体转录组分辨率相比，在单细胞分辨率下能够更清晰地检测到肿瘤出芽（TB）相关的共表达，凸显了转录组分辨率在研究肿瘤微环境相关基因特征时的重要性。
利益冲突声明
作者声明不存在利益冲突。
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发布于 2026 年 10 月 16 日。
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结直肠癌中肿瘤出芽相关基因特征的跨平台评估。
Pritom
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bioRxiv
2026.10.09.757976；
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https://doi.org/10.64898/2026.10.09.757976
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肿瘤出芽相关基因的跨平台评估
结直肠癌中的特征。
Pritom Sarkar、Prapthi Sarkar
bioRxiv
2026.10.09.757976；doi：https://doi.org/10.64898/2026.10.09.757976
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关键词：结直肠癌 · 肿瘤出芽 · 单细胞转录组 · 整体转录组 · 基因共表达 · 肿瘤微环境
原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.09.757976v1?rss=1