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为在同一细胞中分析染色质可及性和细胞质蛋白，我们开发了单细胞工具 Proteo-Seq，通过物理分流，将每个细胞的细胞质蛋白质组导向靶向或发现型蛋白质组学分析，并将其完整细胞核导向单核 ATAC 测序（snATAC-seq）。该装置由双层微孔堆叠结构组成，两层之间以可溶解的 BAC 凝胶活板门隔开：细胞质蛋白通过电泳被留存于上层聚丙烯酰胺凝胶中，而完整细胞核则被转移至带有索引的下层聚二甲基硅氧烷（PDMS）微孔阵列，用于 snATAC-seq。我们首先使用经过充分表征的乳腺癌上皮细胞系 MCF7 验证了 Proteo-Seq，随后深入分析了从患者来源的乳腺癌类器官（ER/PR 阳性、HER2 阴性）中解离获得的细胞，以解析其细胞组成与状态。Proteo-Seq 整合了约 500 项配对的基因–蛋白测量结果，将调控潜能与蛋白质组输出联系起来。发现型蛋白质组学分析解析出三种由蛋白质特征定义的细胞状态，其中包括一种无法通过 K19 二元分类捕捉到的 K19 混合状态；配对的染色质可及性与细胞体积数据则为该状态提供了额外的调控与物理背景信息。
4
加利福尼亚大学旧金山分校医学系；陈–扎克伯格生物中心，旧金山；
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Amy E. Herr
5
加利福尼亚大学伯克利分校生物工程系；陈–扎克伯格生物中心，旧金山
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为同时分析同一细胞的染色质可及性和细胞质蛋白，我们开发了 Proteo-Seq。这是一种单细胞工具，可通过物理分流，将每个细胞的细胞质蛋白质组送往靶向或发现型蛋白质组学分析，并将其完整细胞核送往单核 ATAC 测序（snATAC-seq）。该装置由双层堆叠微孔结构组成，两层之间以可溶解的 BAC 凝胶活板门隔开：细胞质蛋白通过电泳被存档于上层聚丙烯酰胺凝胶中，而完整细胞核则被转移至带索引的下层聚二甲基硅氧烷（PDMS）微孔阵列，用于 snATAC-seq。我们首先在特征明确的乳腺癌上皮细胞系 MCF7 细胞中验证了 Proteo-Seq，随后深入分析了从患者来源的乳腺癌类器官（ER/PR 阳性、HER2 阴性）中解离的细胞，以解析其细胞组成和状态。Proteo-Seq 整合了约 500 组配对的基因–蛋白质测量结果，将调控潜能与蛋白质组输出联系起来。发现型蛋白质组学解析出三种由蛋白质特征定义的状态，其中包括一种无法通过 K19 二元分类识别的 K19 混合状态，而配对的染色质可及性和细胞体积数据则为……提供了额外的调控及物理背景信息
这一状态。
利益冲突声明
作者声明不存在利益冲突。
已声明的资助方信息
美国国立卫生研究院
，R01CA20301
加利福尼亚再生医学研究所
，CIRM EDUC4-12790
陈—扎克伯格生物中心旧金山分部，
版权
本预印本的版权归作者／资助方所有，其已授予 bioRxiv 永久展示本预印本的许可。
本预印本依据
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发布于2026年10月16日。
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Fomitcheva-Khartchenko
，
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McClure
，
Amber
Lennon
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Nadine
Goldhammer
，
Jennifer M.
Rosenbluth
，
Amy E.
Herr
bioRxiv
2026.10.15.759447；
doi：
https://doi.org/10.64898/2026.10.15.759447
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关键词：单细胞多组学 · 染色质可及性 · 单细胞蛋白质组学 · 表观遗传调控 · 乳腺癌类器官 · 细胞状态异质性
原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.15.759447v1?rss=1