SMARTFlexDB：用于RNA构象柔性与小分子识别的配对型脱配体态–配体结合态RNA结构数据库及分析平台

内容形式：摘要译文

RNA结构在小分子结合后可能发生显著的构象变化，但现有结构资源仅提供RNA-配体复合物的静态快照，未将配体结合态（holo）RNA结构与相应的配体游离态（apo）构象关联起来。SMARTFlexDB是一个经人工整理的数据库与分析平台，利用成对的apo-holo RNA结构来表征构象差异及RNA-小分子识别。研究人员通过匹配蛋白质数据库（PDB）中的RNA链，筛选出序列一致性和覆盖度均不低于90%，且结合口袋核苷酸完全保守的候选结构对。当前版本收录了来自266个holo结构的434个结合口袋，并将其与186个apo结构关联，形成1,187组口袋层级的apo-holo结构对，归入734个数据库条目，涵盖150种小分子和23类RNA功能类别。每个条目均整合了RNA序列和二级结构注释、apo和holo三维结构、RNA-配体原子相互作用，以及用于量化整体和局部构象变化的描述符。交互式网页界面支持用户探索序列比对和结构叠合、比较二级结构与RNA基序，并上传成对的apo-holo结构进行定制化分析。通过关联配体结合态与配体游离态RNA结构，SMARTFlexDB为研究RNA结构柔性及推动RNA靶向小分子药物发现提供了坚实基础。该数据库与分析平台可通过以下网址访问：https://aidd.rc.ufl.edu/app/smartflexdb/。

关键词：RNA构象柔性 · apo-holo结构对 · RNA-小分子识别 · RNA结构数据库 · 构象变化分析

原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.11.757724v1?rss=1