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生物体的性状取决于其遗传背景和环境。混合分离群体分析（bulk segregant analysis，BSA）通过测定遗传重组子代（分离子）群体中的亲本等位基因频率，对数量性状位点（quantitative trait loci，QTL）进行定位。传统BSA需要针对每个杂交组合和环境条件分别进行繁琐的样品处理。在此，我们介绍了一种适用于酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）的96孔液体培养格式，用于极端数量性状位点作图（extreme QTL mapping，X-QTL）。我们将40个分离株分别与一个共同亲本进行杂交，该共同亲本在HO位点携带交配型特异性的药物抗性标记，从而能够在1 mL培养物中筛选二倍体和单倍体分离子。每个孔中容纳一个分离子群体，随后我们在深孔板中将其培养于四种条件下：标准葡萄糖培养基、添加氯化钠的标准培养基、添加咖啡因的标准培养基，或以乙酸盐替代葡萄糖作为碳源的培养基。我们对来自384个孔的DNA样品进行条形码标记，并在一次Illumina NovaSeq X测序运行中完成测序。181个分离子群体的测序数据通过了质量控制，并用于在35个杂交组合中定位1,472个QTL。我们重复验证了此前通过常规X-QTL在这些生长条件下定位的一部分QTL。96孔方法提高了X-QTL各个步骤的通量，使得对数量多得多的杂交组合和培养条件开展遗传分析成为可能。
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1 加利福尼亚大学洛杉矶分校人类遗传学系，美国加利福尼亚州洛杉矶；2 霍华德·休斯医学研究所，美国马里兰州切维蔡斯；
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Leslie A Alamo
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Heriberto Marquez
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James Boocock
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Joshua S Bloom
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Leonid Kruglyak
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摘要
生物体的性状取决于其遗传背景和环境。混合分离分析（BSA）用于定位
通过测量遗传重组后代（分离子）群体中的亲本等位基因频率来定位数量性状位点（QTL）。传统的混合分离群体分析（BSA）需要针对每个杂交组合和环境条件分别进行繁琐的样品处理。在此，我们介绍一种用于酿酒酵母（*Saccharomyces cerevisiae*）极端QTL定位（X-QTL）的96孔液体培养格式。我们将40个分离株与一个共同亲本进行杂交；该亲本在HO位点携带交配型特异性抗药性标记，使我们能够在1 mL培养物中筛选二倍体和单倍体分离子。每孔培养一个分离子群体，随后我们在深孔板中将其置于四种条件下培养：标准葡萄糖培养基、添加氯化钠或咖啡因的标准培养基，或以乙酸盐替代葡萄糖作为碳源的培养基。我们对来自384个孔的DNA样品进行条形码标记，并在一次Illumina NovaSeq X运行中完成测序。181个分离子群体的测序数据通过了质量控制，并用于在35个杂交组合中定位1,472个QTL。我们在这些生长条件下，通过传统X-QTL方法对先前定位的部分QTL进行了重复验证。96孔方法提高了X-QTL各个步骤的通量，使得对更多杂交组合和条件进行遗传分析成为可能。
利益冲突声明
作者声明不存在利益冲突。
脚注
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/1540837
https://github.com/brunig/microscale-xqtl
https://brunig.github.io/microscale-xqtl/
资助方信息（已声明）
霍华德·休斯医学研究所，
NIH共同基金，
，2RO1GM102308
版权
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发表于10月
15日，2026年。
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微尺度混池分离分析
Giancarlo Noe
Bruni
,
Lauren C
Crisman
,
Leslie A
Alamo
,
Heriberto
Marquez
,
James
Boocock
,
Joshua S
Bloom
,
Leonid
Kruglyak
bioRxiv
2026.10.09.757075；
doi：
https://doi.org/10.64898/2026.10.09.757075
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关键词：混合分离群体分析 · 极端数量性状位点作图 · 数量性状位点 · 酿酒酵母 · 高通量测序 · 遗传分析
原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.09.757075v1?rss=1