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基于整体转录组的分类器可将胰腺导管腺癌（PDAC）分为经典型和基底样亚型，且这两种亚型均具有预后和治疗相关性。然而，越来越多的证据表明，这些上皮程序常常在单个肿瘤内部共存。这些中间状态如何影响局部肿瘤微环境，目前仍缺乏明确认识。在本研究中，我们将多重离子束成像（MIBI）与整体RNA测序相结合，在空间上连续的癌巢层面解析上皮亚型特征，并对其相关微环境进行定量分析。在来自34例患者的47份原发肿瘤样本中，我们在单细胞分辨率下鉴定出经典型、中间型和基底型癌细胞状态，并 delineated 由混合或优势亚型构成的离散癌巢。基于距离分辨的空间分析显示，富含基底型细胞的癌巢周围存在局部免疫抑制性微环境，其特征是邻近髓系细胞中MHC II类分子和共刺激分子表达降低，而这一现象与髓系细胞丰度无关。这些区域富集于成纤维细胞主导的细胞邻域，并呈现出独特的细胞间相互作用结构。通过对两个独立的整体RNA测序队列进行EcoTyper分析，包括OHSU发现队列（N = 277例患者）和作为验证队列的TCGA（N = 147例患者），我们鉴定出富含基底型上皮状态的低预后肿瘤生态型；这些生态型同样表现出髓系细胞抗原呈递特征减弱，从而将空间生态位表型与转录组生态型及患者结局联系起来。综上，这些发现表明，PDAC中的上皮亚型程序是在空间定义的癌巢层面组织起来的，而基底型癌症程序存在于其中髓系抗原呈递功能障碍的局部生态位，将肿瘤内结构与免疫抑制及临床预后联系起来。
空间分辨的上皮细胞状态 delineate PDAC 中髓系抗原呈递受损的免疫抑制性生态位 | bioRxiv
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空间分辨的上皮细胞状态 delineate PDAC 中髓系抗原呈递受损的免疫抑制性生态位
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基于整体转录组的分类器可将胰腺导管腺癌（PDAC）划分为经典型和基底样亚型，具有预后和治疗相关意义；然而，越来越多的证据表明，这些上皮细胞程序常在同一肿瘤内并存。这些中间状态如何影响局部肿瘤微环境，目前尚未得到充分界定。在此，我们将多重离子束成像（MIBI）与整体 RNA 测序相结合，在空间上连续相连的癌巢层面解析上皮亚型身份，并量化其相关微环境。在来自 34 名患者的 47 份原发肿瘤样本中，我们以单细胞分辨率鉴定出经典型、中间型和基底型癌细胞状态，并界定了具有混合或占优势亚型组成的不同癌巢。距离分辨的空间分析显示，富含基底型细胞的癌巢周围存在局部免疫抑制性微环境，其特征为邻近髓系细胞中 MHC II 类分子和共刺激分子的表达降低，且这一现象独立于髓系细胞丰度。这些区域富集了以成纤维细胞为主的细胞邻域，并呈现出不同的细胞间相互作用构型。利用 EcoTyper
对两个独立的批量 RNA 测序队列进行分析，包括 OHSU 发现队列（N = 277 例患者）和作为验证队列的 TCGA（N = 147 例患者），我们识别出富集基底上皮状态且预后不良的肿瘤生态型。这些生态型同样表现出髓系抗原呈递特征的耗竭，从而将空间生态位表型与转录组生态型及患者结局联系起来。综上，这些研究结果表明，PDAC 中的上皮亚型程序在空间界定的癌细胞巢层面上组织，并且基底型癌细胞程序存在于髓系抗原呈递功能障碍的局部生态位内，由此将肿瘤内结构与免疫抑制及临床预后联系起来。
利益冲突声明
Tyler Risom 是 Genentech（Roche 集团成员）的员工，并可能持有 F. Hoffmann-La Roche Ltd. 的股票或股票期权。其他所有作者均声明不存在潜在利益冲突。
脚注
https://doi.org/10.5281/zenodo.21108550
已声明的资助信息
美国国立卫生研究院
，U54 CA209971
，U01 CA264611
，U54CA20997105
，5DP5OD01982205
，1R01CA24063801A1
，5R01AG06827902
美国国防部
，W81XWH2110143
版权
本预印本的版权所有者为作者/资助方，其已授予 bioRxiv 永久展示该预印本的许可。
该文依据
CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可协议
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发表于 2026 年 7 月 29 日。
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2026.07.28.741300；
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https://doi.org/10.64898/2026.07.28.741300
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空间分辨的上皮状态刻画了胰腺导管腺癌（PDAC）中髓系抗原呈递受损的免疫抑制性微环境
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2026.07.28.741300；
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https://doi.org/10.64898/2026.07.28.741300
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关键词：胰腺导管腺癌 · 肿瘤微环境 · 空间转录组学 · 髓系抗原呈递 · 基底样上皮状态
原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.28.741300v1?rss=1