EASI-PASS：一种用于关联功能成像与 mRNA 表达谱分析的易用流程

内容形式：摘要译文

我们开发了 EASI-PASS，这是一种可靠、高通量的方法，可通过将活体成像与随后进行的固定组织成像相结合，利用常规显微镜估计经功能表征细胞的分子身份。该方法通过匹配大型（>1 mm²）功能成像图像与厚层、扩增并透明化的 EASI-FISH 组织体积中的细胞形态和位置，对数千个密集成像的细胞进行基因表达分析。与薄切片配准相比，这种方法效率更高，并能确定约 78% 细胞的分子身份。在小鼠臂旁核急性脑切片成像中，对长程脊髓输入进行光遗传刺激时，我们观察到接受脊髓输入的神经元在分子身份上具有精细尺度的特异性。在清醒小鼠视觉皮层中，我们观察到不同的唤醒状态调制，以及中间神经元类别内部和类别之间相关性的空间衰减。因此，EASI-PASS 能够可靠且高效地将细胞活动与分子身份对应起来。

关键词：功能成像 · mRNA表达谱 · 空间转录组学 · EASI-FISH · 神经元分子鉴定 · 光遗传学

原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.21.746328v1?rss=1