四种欧洲白栎物种的单倍型解析染色体水平基因组组装

内容形式：摘要译文

欧洲白栎（Quercus 属 Quercus 组）是具有重要生态和经济价值的森林树种，其特征包括广泛共享的遗传变异以及种间基因流历史。不同物种的基因组资源分布仍不均衡，限制了比较分析和泛基因组开发。在此，我们提供了四种欧洲白栎的单倍型解析、染色体尺度基因组组装及基因组注释：Quercus robur、Q. petraea、Q. pubescens 和 Q. frainetto。组装基于 PacBio HiFi 测序数据完成，每个物种均包含两个经分相的单倍型。基因组大小为 779–817 Mb，所有组装均组织为 12 条染色体尺度的假分子，完整度和连续性均较高。此外，我们还提供了物种特异性重复序列注释、经结构和功能注释的蛋白质编码基因集，以及完整的细胞器基因组。该数据集首次提供了 Q. pubescens 和 Q. frainetto 的参考基因组，并包含采用统一测序与分析流程新组装的 Q. robur 和 Q. petraea 基因组。这些资源为比较基因组学、泛基因组构建、基因组演化研究，以及欧洲白栎适应与基因渗入研究提供了标准化框架。

关键词：单倍型解析基因组组装 · 染色体水平基因组 · 欧洲白栎 · 比较基因组学 · 基因渗入

原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.20.745905v1?rss=1