基于23S-5S核糖体RNA基因间隔区测序的培养阴性临床及环境标本中军团菌属细菌遗传多样性研究

内容形式：摘要译文

随着靶向军团菌属（Legionella spp.）的PCR检测得到更广泛应用，由非嗜肺军团菌种引起的军团菌病（Legionnaires' disease，LD）的确诊病例可能会增加。在此背景下，对PCR阳性但培养阴性的样本进行准确的菌种鉴定，对于增进对疾病流行病学的认识及支持感染来源归因至关重要。本研究提出了一套经过验证、易于使用且适用于下一代测序（NGS）的生物信息学分析流程，用于分析23S-5S高变区，并配套建立了一个经整理的数据库，涵盖截至2026年1月所有已描述的军团菌属物种。我们利用菌株以及培养阳性的临床和环境样本，对参数进行了优化，以提高灵敏度和特异度。随后，我们将该流程回顾性应用于2023年至2025年收集的92份培养阴性、PCR阳性样本。在受检样本中，60%（55/92）成功鉴定出军团菌种，且呈现出较高的物种多样性。临床样本中检出了混合感染，包括嗜肺军团菌（L. pneumophila）与长滩军团菌（L. longbeachae）或博兹曼军团菌（L. bozemanii）的共同感染，而环境样本中最多可检出六种不同物种。这些结果表明，23S-5S扩增子NGS能够在未获得培养分离株的情况下实现物种水平鉴定，从而加强对非嗜肺军团菌感染病例的监测。该流程基于QIIME2实现，并配有公开可用的数据库，为常规分子监测和暴发调查提供了实用框架。

关键词：军团菌属 · 23S-5S基因间隔区 · 扩增子测序 · 培养阴性标本 · 菌种鉴定 · 遗传多样性

原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.09.18.752540v1?rss=1