协同系统发育模拟器不可互换：合成宿主—共生体中的相似性、差异与结构性偏倚

合成数据在共系统发育的计算研究中日益重要，其应用包括机器学习推断、基准评估和方法测试。目前已有多种用于生成此类数据的生成器，但它们各自依赖于不同的宿主—共生体共同演化假设。这些假设往往是隐含的，且鲜少受到审视，尽管研究结果可能在很大程度上取决于所使用的合成模型。本文在受控情景下，对具有代表性的共系统发育数据生成器开展系统性的结构分析，旨在明确其假设，并理解这些选择如何塑造其生成的合成数据，以及如何影响基于这些数据可能得出的结论。

合成数据在共系统发育的计算研究中日益重要，其应用包括机器学习推断、基准评估和方法测试。目前已有多种用于生成此类数据的生成器，但它们各自基于不同的宿主—共生体协同进化假设。这些假设往往是隐含的，且鲜少受到审视，尽管研究结果可能在很大程度上取决于所使用的合成模型。本文在受控情景下，对具有代表性的共系统发育数据生成器开展系统性的结构分析，旨在明确其假设，并理解这些选择如何塑造其生成的合成数据，以及如何影响基于这些数据可能得出的结论。

作者声明不存在利益冲突。

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关键词：共系统发育 · 宿主—共生体共同演化 · 合成数据生成 · 模拟器比较 · 结构性偏倚

原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.09.13.751162v1?rss=1