3D-MAESTRO：一种可扩展、模块化且可移植的流水线，用于自动处理大规模脑部体积显微成像数据

内容形式：摘要译文

光学显微镜常用于探索组织的细胞与分子结构，但数据的规模和复杂性仍是阻碍发现的瓶颈。我们推出 3D-MAESTRO（3D 显微成像自动化与执行：可扩展工具、渲染和编排），这是一套面向大规模显微成像数据的自动化图像处理工作流，旨在云端和本地计算环境中实现可扩展执行。3D-MAESTRO 可编排去噪、图像图块拼接、图谱配准和分割等流程。其模块化架构支持集成和基准测试新软件包，确保随着更高效或更准确的算法不断涌现，系统性能能够持续提升。我们提出了一种新的三维图像模板，用于对经水性试剂透明化的小鼠脑进行自动配准；同时提出一种高效的荧光细胞检测方法。我们将 3D-MAESTRO 应用于多种解剖学和功能实验中的小鼠全脑光片显微成像，展示了其在全脑范围内高通量、可重复地绘制微观结构图谱的能力。

关键词：三维显微成像 · 全脑光片显微成像 · 图像处理流水线 · 脑图谱配准 · 细胞检测与分割 · 可扩展计算

原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.09.09.750494v1?rss=1