日本猕猴前额叶皮层的混合转录组组装与注释

内容形式：摘要译文

日本猕猴（Macaca fuscata）被广泛用于生物医学和神经生物学研究，但目前针对其脑组织的转录组资源仍较为有限。我们构建了一个混合型RNA测序数据集，并完成了来自两只健康6岁动物的前额叶皮层转录组组装。我们结合了Illumina短读长测序（每个样本约7000万条双端测序读段）和Oxford Nanopore直接RNA长读长测序（每个样本约250万条读段）。对测序读段进行了质量控制，将其比对至macFus_1.0参考基因组，并使用StringTie2进行组装。利用Trinotate和eggNOG-mapper对转录本进行注释，并使用TransDecoder预测开放阅读框。发布的数据包包括原始测序读段（NCBI SRA BioProject：PRJNA1295993）、转录本序列及结构注释文件、预测的编码序列和蛋白质、功能注释表，以及转录本丰度估计值（TPM）。技术验证包括读段水平的质量控制，以及与人类、恒河猴和黑猩猩前额叶皮层中已表达基因集进行的蛋白质水平比较。这些资源可用于转录本水平的表达研究、异构体表征以及灵长类比较神经基因组学研究。

关键词：日本猕猴 · 前额叶皮层 · 混合转录组测序 · 转录组组装 · 转录本注释 · 比较神经基因组学

原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.10.743719v1?rss=1