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移动遗传元件（mobile genetic elements，MGEs）驱动原核生物中的水平基因转移，传播抗菌药物耐药基因（antimicrobial resistance genes，ARGs）、毒力因子（virulence factors，VFs）和生物合成基因簇（biosynthetic gene clusters，BGCs）。鉴于其重要性，亟需一种单一的开源工具，能够对MGE组成谱及其功能性载荷进行注释。我们提出MAP（Mobilome Annotation Pipeline，移动组注释流程），这是一种基于Nextflow构建的流程，可预测质粒、病毒序列、前病毒、整合子、插入序列、转座子、整合性接合元件以及非自主性组成异常区域，去除冗余预测结果，并标注MGE边界内的基因。MAP输出GFF3格式文件、MGE序列FASTA文件，以及一份综合报告，将ARG、VF、毒素和BGC置于其移动组背景中，从而能够识别复合元件，例如质粒内携带ARG的整合子。我们在MGnify土壤基因组目录中的基因组上展示了该工具的应用。
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移动遗传元件（MGEs）推动原核生物中的水平基因转移，传播抗微生物药物耐药基因（ARGs）、毒力因子（VFs）和生物合成基因簇（BGCs）。鉴于它们的重要性，迫切需要
旨在提供一种可同时注释移动遗传元件（MGE）全谱及其携带功能基因的单一开源工具。我们推出了 MAP（Mobilome Annotation Pipeline，移动遗传元件组注释流程），这是一个基于 Nextflow 的流程，可预测质粒、病毒序列、前噬菌体、整合子、插入序列、转座子、整合接合元件以及非自主型序列组成异常区域，去除冗余预测结果，并对 MGE 边界内的基因进行标注。MAP 输出 GFF3 格式文件、包含 MGE 序列的 FASTA 文件，以及一份将抗生素抗性基因（ARG）、毒力因子（VF）、毒素和生物合成基因簇（BGC）置于其移动遗传元件组背景下的综合报告，从而能够识别复合元件，例如质粒内携带 ARG 的整合子。我们使用 MGnify 土壤基因组目录中的基因组展示了该流程的应用。
利益冲突声明
作者声明不存在利益冲突。
脚注
https://github.com/EBI-Metagenomics/mobilome-annotation-pipeline
https://workflowhub.eu/workflows/452
已声明的资助信息
本研究由卢森堡国家研究基金 CORE-INTER 计划的 Infectome 项目资助
，C23/BM/18091896
版权
本预印本的版权持有人为作者／资助方，其已授予 bioRxiv 永久展示本预印本的许可。
本预印本依据
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发布于 2026 年 9 月 11 日。
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MAP：用于原核生物（宏）基因组组装序列中可移动遗传元件组注释及载荷基因表征的综合分析流程
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关键词：可移动遗传元件 · 基因组注释 · 宏基因组组装 · 水平基因转移 · 抗菌药物耐药基因 · 生物信息学流程
原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.09.11.750868v1?rss=1