小细胞肺癌（SCLC）仍是一种致死率极高的疾病，除Delta样配体3（DLL3）外，可靶向的细胞表面抗原有限。我们旨在系统性地鉴定并验证复发性SCLC中的肿瘤选择性细胞表面靶点。为此，我们开发了一套整合蛋白基因组学流程，结合单细胞RNA测序、组合优化、基于质谱的蛋白质组学及免疫组织化学，对25例复发性SCLC患者的49个肿瘤样本进行系统性表面蛋白组图谱绘制。采用这一方法，我们发现紧密连接蛋白3（CLDN3）是一种表达稳定且具有肿瘤选择性的抗原，其覆盖范围超过了目前临床基准靶点DLL3。CLDN3在不同治疗状态下均高表达，同时在大多数非恶性组织中的表达较低。利用一种新型CLDN3特异性单克隆抗体（ABN501）进行功能验证，结果显示其可在体外介导NK细胞细胞毒作用，并在体内诱导肿瘤消退，且安全性良好。这些发现支持开展靶向CLDN3疗法的临床开发，并证明整合蛋白基因组学方法可用于实体瘤抗原发现。
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蛋白质组学分析确定CLDN3为小细胞肺癌中的肿瘤选择性治疗靶点
Brett A. Schroeder，Jae Choi，Alejandro A. Schaffer，Michael Nirula，Yingying Cao，Yang Zhang，Anna-Lena Meinhardt，Hyeokjun Kwon，Hyerim Park，Sangin Lee，Hyo Jin Shin，Hee Geon Park，Hobin Yang，Sungyoul Hong，Parth Desai，Donna Butcher，Pattara Sukprasert，Binbin Wang，D. Nathan Biery，Rajaa El Meskini，Devon Atkinson，Laura L. Bassel，Zoe Weaver Ohler，Yue Huang，Allison L. Hunt，Tamara Abulez，Nicholas W. Bateman，Thomas P. Conrads，Ross Lake，Stephen M. Hewitt，Sunghyun Hong，Jaemun Kim，Seung Hwa Jung，Ho Jin Lee，Saehyung Lee，Young Kee Shin，Eytan Ruppin，Anish Thomas
doi：
https://doi.org/10.64898/2026.07.29.738916
Brett A. Schroeder
1
美国国立卫生研究院国家癌症研究所新型疗法开发部，美国马里兰州贝塞斯达；
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Jae Choi
2
首尔国立大学融合科学与技术研究生院分子医学与生物制药科学系，大韩民国首尔；
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Alejandro A. Schaffer
3
美国国立卫生研究院国家癌症研究所癌症研究中心癌症数据科学实验室，美国马里兰州；
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Michael Nirula
1
发育…
美国国立卫生研究院国家癌症研究所治疗学分部，马里兰州贝塞斯达，美国；
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Yingying Cao
4
美国国立卫生研究院国家癌症研究所癌症研究中心癌症数据科学实验室，马里兰州贝塞斯达，美国；
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Yang Zhang
1
美国国立卫生研究院国家癌症研究所发展性治疗学分部，马里兰州贝塞斯达，美国；
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Anna-Lena Meinhardt
1
美国国立卫生研究院国家癌症研究所发展性治疗学分部，马里兰州贝塞斯达，美国；
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Hyeokjun Kwon
2
首尔国立大学融合科学与技术研究生院分子医学与生物制药科学系，大韩民国首尔；
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Hyerim Park
2
首尔国立大学融合科学与技术研究生院分子医学与生物制药科学系，大韩民国首尔；
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Sangin Lee
2
首尔国立大学融合科学与技术研究生院分子医学与生物制药科学系，大韩民国首尔；
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Hyo Jin Shin
2
系
分子医学与生物制药科学，首尔国立大学融合科学与技术研究生院，韩国首尔；
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Hee Geon Park
2
分子医学与生物制药科学系，首尔国立大学融合科学与技术研究生院，韩国首尔；
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Hobin Yang
5
庆星大学药学院，韩国釜山广域市南区水营路309号，邮编48434；
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Sungyoul Hong
6
首尔国立大学药学院及药学研究所，韩国首尔08826；
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Parth Desai
1
美国国立卫生研究院国家癌症研究所发展治疗学分部，美国马里兰州贝塞斯达；
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Donna Butcher
7
弗雷德里克国家癌症研究实验室动物科学项目分子组织病理学实验室，美国马里兰州弗雷德里克；
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Pattara Sukprasert
8
Databricks，美国加利福尼亚州旧金山；
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Binbin Wang
4
美国国立卫生研究院国家癌症研究所癌症研究中心癌症数据科学实验室，美国马里兰州，
美国。；
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D. Nathan Biery
9
医学院与健康科学学院，乔治·华盛顿大学，美国华盛顿特区。；
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Rajaa El Meskini
10
高级临床前研究中心，弗雷德里克国家癌症研究实验室，国家癌症研究所，美国马里兰州弗雷德里克。；
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Devon Atkinson
10
高级临床前研究中心，弗雷德里克国家癌症研究实验室，国家癌症研究所，美国马里兰州弗雷德里克。；
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Laura L. Bassel
10
高级临床前研究中心，弗雷德里克国家癌症研究实验室，国家癌症研究所，美国马里兰州弗雷德里克。；
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Zoe Weaver Ohler
10
高级临床前研究中心，弗雷德里克国家癌症研究实验室，国家癌症研究所，美国马里兰州弗雷德里克。；
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Yue Huang
1
治疗学开发分部，国家癌症研究所，美国国立卫生研究院，美国马里兰州贝塞斯达。；
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Allison L. Hunt
11
女性健康综合研究中心，Inova 女性服务部，Inova 医疗系统，美国弗吉尼亚州安嫩代尔。；
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Tamara Abulez
12
亨利·M·杰克逊军事医学发展基金会，美国马里兰州贝塞斯达；
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Nicholas W. Bateman
12
亨利·M·杰克逊军事医学发展基金会，美国马里兰州贝塞斯达；
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Thomas P. Conrads
11
妇女健康综合研究中心，Inova 妇女医疗服务线，Inova 医疗系统，美国弗吉尼亚州安南代尔；
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Ross Lake
13
美国国家癌症研究所癌症生物学与遗传学实验室，美国马里兰州贝塞斯达；
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Stephen M. Hewitt
14
美国国立卫生研究院国家癌症研究所病理学实验室，美国马里兰州贝塞斯达；
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Sunghyun Hong
15
ABION Inc. 研发中心，韩国首尔；
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Jaemun Kim
15
ABION Inc. 研发中心，韩国首尔；
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Seung Hwa Jung
15
ABION Inc. 研发中心，韩国首尔；
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Ho Jin Lee
16
首尔国立大学未来创新研究院，韩国首尔 08826。
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Saehyung Lee
15
研发中心，
ABION公司，韩国首尔；
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Young Kee Shin
2
首尔国立大学融合科学与技术研究生院分子医学与生物制药科学系，韩国首尔；
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Eytan Ruppin
4
美国国立卫生研究院国家癌症研究所癌症研究中心癌症数据科学实验室，美国马里兰州贝塞斯达；
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Anish Thomas
1
美国国立卫生研究院国家癌症研究所开发性治疗学分部，美国马里兰州贝塞斯达；
通讯作者：
anish.thomas{at}nih.gov
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小细胞肺癌（SCLC）仍是一种致死率极高的疾病，除δ样配体3（DLL3）之外，可靶向的细胞表面抗原十分有限。我们旨在系统性识别并验证复发性SCLC中的肿瘤选择性细胞表面靶点。为此，我们开发了一套整合性的蛋白质组基因组学流程，结合单细胞RNA测序、组合优化、基于质谱的蛋白质组学和免疫组织化学，对25例复发性SCLC患者的49个肿瘤的SCLC细胞表面组进行了系统绘制。利用这一方法，我们发现紧密连接蛋白3（claudin-3，CLDN3）是一种稳定表达且具有肿瘤选择性的抗原，其覆盖范围比目前的临床基准DLL3更广。CLDN3在不同治疗状态下均呈高表达，
同时在大多数非恶性组织中保持低表达。利用一种新型CLDN3特异性单克隆抗体（ABN501）进行功能验证，结果显示，该抗体在体外可介导NK细胞细胞毒作用，在体内可使肿瘤消退，且安全性良好。这些发现支持开发靶向CLDN3的疗法，并证明整合蛋白质组学与基因组学方法在实体瘤抗原发现中的价值。
利益冲突声明
S.H.、J.K.、S.H.J.、H.J.L.和S.L.是ABION Inc.的员工。Y.K.S.报告称，其从ABION Inc.获得咨询/顾问费用并持有该公司股份。其余作者声明不存在潜在利益冲突。
已声明的资助方信息
ABION Inc.
韩国药物开发基金
美国国立卫生研究院（NIH）国家癌症研究所癌症研究中心院内项目
版权
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蛋白质组学分析鉴定出 CLDN3 是小细胞肺癌中的肿瘤选择性治疗靶点
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Sungyoul
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Wang
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Saehyung
Lee
,
Young Kee
Shin
,
Eytan
Ruppin
,
Anish
Thomas
bioRxiv
2026.07.29.738916;
doi:
https://doi.org/10.64898/2026.07.29.738916
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Hyeokjun
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Lee
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Saehyung
Lee
,
Young Kee
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,
Eytan
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,
Anish
Thomas
bioRxiv
2026.07.29.738916;
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