亚基因组水平的系统发育揭示金粟兰目起源于祖先单子叶植物和真双子叶植物谱系的异源多倍化

内容形式：摘要译文

被子植物是物种最丰富的陆生植物谱系，但其主要类群之间，尤其是中被子植物内部的深层系统发育关系，长期以来一直难以厘清。尽管杂交和全基因组复制（WGD）已被公认为重要的演化力量，但古老异源多倍化——将杂交与全基因组复制结合起来的过程——对中被子植物深层节点系统发育冲突的影响仍知之甚少。本研究分析了七个具有代表性的早期分化被子植物谱系的基因组，每个谱系至多包含一次谱系特异性WGD事件。我们采用比较系统基因组学框架，对五个发生过WGD的谱系中的WGD衍生旁系同源基因进行了表征。与其他多倍体谱系不同，金粟兰目中WGD衍生旁系同源基因在基因树中极少形成姐妹群关系。在评估了不完全谱系分选、古老旁系同源关系和分析伪影等其他可能解释后，我们证明，这种不一致的系统发育信号反映了古老异源多倍化事件留下的基因组印记。我们进一步利用保守共线性区域内的偏向性分馏模式，解析了金粟兰目的亚基因组。亚基因组解析的系统基因组学分析显示，金粟兰目的优势亚基因组与真双子叶植物具有系统发育亲缘关系，而劣势亚基因组则与单子叶植物相关，这表明该目具有深层网状起源，涉及与这些被子植物主要类群相关的祖先谱系。我们的研究结果提供了亚基因组层面的证据，表明古老异源多倍化能够在被子植物早期演化过程中连接深度分化的谱系，并凸显了将网状多倍体演化纳入研究的重要性。

将演化历史纳入系统基因组学框架，以解析深层演化关系。

关键词：古异源多倍化 · 亚基因组解析 · 比较系统基因组学 · 被子植物演化 · 金粟兰目起源

原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.22.746209v1?rss=1