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内容形式：摘要译文
人类肿瘤在多大程度上重现胎儿组织程序、又在多大程度上丧失成人组织特征，这一问题仍未解决。我采用经审计的氛围编程——一种由人类参与的跨模型批评与迭代完善工作流——重新分析了一项公开的泛癌蛋白质组图谱。一个主要大型语言模型在科学指导下编写并执行分析，另一个独立的模型家族则对代码、输出和论断进行审查；研究结果在七个带版本号的发布版本中反馈并用于修正。在七个器官的229组肿瘤—邻近组织配对中，肿瘤相对于邻近组织的蛋白质组变化与胎儿至成人成熟过程的逆转呈部分一致（器官平衡余弦相似度为0.240；95%区间为0.138至0.335），229名患者中有189名（82.5%）呈现正向一致性。器官平衡投影系数为0.195（95%区间为0.069至0.244），表明变化仅沿发育距离的一部分发生。尽管成熟过程逆转与成人组织特征丧失存在重叠，但在先纳入组织特征丧失后，仍保留正向发育分量（0.203；95%区间为0.129至0.239）。成人组织中高表达蛋白的抑制，比胎儿组织中高表达蛋白的重新激活，对正向一致性的贡献更大。氛围编程审计发现了实质性缺陷。共同掩码校正使匹配器官的优势从0.074降至0.059；缺失值校正几乎未改变整体几何结构，却替换了肝脏贡献最大的40个因素中的5个；耦合重采样则修正了不确定性估算，但没有改变患者评分。与任何单篇报告一样，“氛围编程再分析”的生物学结果仍属有待独立重复验证的候选发现。该工作流是单一的可行性案例，而非可靠性基准，并展示了对话式生成的分析如何能够……
当将模型生成的代码视为不可信代码、进行版本管理，并接受独立模型的评议和可执行检查时，其可检查性会更高。
关键词：肿瘤蛋白质组学 · 胎儿样发育程序 · 组织成熟 · 泛癌分析 · 成人组织特征丧失
原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.26.745609v1?rss=1