荧光显微成像中的定量细胞共定位分析通常依赖于图像加载、分割、区域选择、人工检查和电子表格后处理等步骤的临时组合。此类工作流程难以在不同项目之间迁移，且往往无法清晰追溯中间结果的生成过程。我们推出了 CellColoc，这是一套开源的 Python 工作流管线，用于二维和三维显微图像中基于分割的细胞共定位分析、单通道分割和细胞特征提取。CellColoc 提供模块化工作流层，将 Cellpose 和基于阈值的方法等现有分割后端整合到可复用、由脚本驱动的分析流程中。该软件包支持按通道选择后端、交互式定义或可复用的感兴趣区域、可选的第三通道占据情况与细胞阳性判定分析、z 轴裁剪与投影、利用缓存结果对 Cellpose 阈值进行事后微调，以及在手动编辑掩膜后重新分析。分析通过简洁的用户脚本执行，而可复用功能则保留在核心软件包中。感兴趣区域（ROI）掩膜、各通道标签掩膜、阳性细胞掩膜和结构化结果表等中间产物均保存至标准化结果目录，从而促进透明检查、可重复性以及符合 FAIR 原则的复用。该软件包还配有公开示例数据集、合成基准测试和归档软件版本。通过将可复用的分析逻辑与项目特定配置分离，CellColoc 为社区驱动的显微图像分析工作流提供了可扩展的基础，可满足透明的单细胞重叠分类、形态学指标输出和可复用批量分析等需求。
CellColoc：用于显微图像中细胞共定位、分割和特征提取的模块化开源工作流 | bioRxiv
跳转至主要内容
首页
关于
投稿
提醒 / RSS
搜索此关键词
高级搜索
最新结果
CellColoc：用于显微图像中细胞共定位、分割和特征提取的模块化开源工作流
查看 ORCID 个人资料
Fabrizio
Musacchio
，
查看 ORCID 个人资料
Henrike
Antony
，
Arush
Baijal
，
查看 ORCID 个人资料
Denise Marie
Hoffmann
，
查看 ORCID 个人资料
Felix Christopher
Nebeling
，
查看 ORCID 个人资料
Sophie
Crux
，
查看 ORCID 个人资料
Martin
Fuhrmann
doi：
https://doi.org/10.64898/2026.07.26.740771
Fabrizio Musacchio
德国神经退行性疾病研究中心（DZNE），德国波恩，53127
在 Google Scholar 上查找此作者
在 PubMed 上查找此作者
在本站搜索此作者
Fabrizio Musacchio 的 ORCID 记录
通信联系：
fabrizio.musacchio{at}posteo.de
Henrike Antony
德国神经退行性疾病研究中心（DZNE），德国波恩，53127
在 Google Scholar 上查找此作者
在 PubMed 上查找此作者
在本站搜索此作者
Henrike Antony 的 ORCID 记录
Arush Baijal
德国神经退行性疾病研究中心（DZNE），德国波恩，53127
在 Google Scholar 上查找此作者
在 PubMed 上查找此作者
在本站搜索此作者
Denise Marie Hoffmann
德国神经退行性疾病研究中心（DZNE），德国波恩，53127
在 Google Scholar 上查找此作者
在 PubMed 上查找此作者
在本站搜索此作者
Denise Marie Hoffmann 的 ORCID 记录
Felix Christopher Nebeling
德国神经退行性疾病研究中心（DZNE），德国波恩，53127
在 Google Scholar 上查找此作者
在 PubMed 上查找此作者
在本站搜索此作者
Felix 的 ORCID 记录
Christopher Nebeling
Sophie Crux
德国神经退行性疾病中心（DZNE），德国波恩，53127
在 Google Scholar 上查找该作者
在 PubMed 上查找该作者
在本站搜索该作者
Sophie Crux 的 ORCID 记录
Martin Fuhrmann
德国神经退行性疾病中心（DZNE），德国波恩，53127
在 Google Scholar 上查找该作者
在 PubMed 上查找该作者
在本站搜索该作者
Martin Fuhrmann 的 ORCID 记录
摘要
信息／历史
指标
预览 PDF
摘要
荧光显微成像中的定量细胞共定位分析通常依赖于图像加载、分割、区域选择、人工检查以及电子表格后处理等步骤的临时组合。此类工作流程难以在不同项目之间迁移，而且往往无法清晰呈现中间结果的生成过程。我们推出了 CellColoc，这是一个开源的 Python 工作流管线，用于二维和三维显微图像中基于分割的细胞共定位分析、单通道分割及细胞特征提取。CellColoc 提供了一个模块化工作流层，将 Cellpose 和基于阈值的方法等现有分割后端整合到可复用、由脚本驱动的分析中。该软件包支持按通道选择后端、交互式或可复用的感兴趣区域、可选的第三通道占据情况与细胞阳性判定分析、z 轴裁剪与投影、利用缓存结果对 Cellpose 阈值进行事后优化，以及手动编辑掩膜后的重新分析。分析通过简洁的用户脚本执行，而可复用功能则封装于核心软件包中。感兴趣区域（ROI）掩膜、各通道标签掩膜、阳性细胞掩膜以及结构化结果表等中间产物均写入标准化的结果目录，从而促进透明检查、可重复性以及
符合 FAIR 原则的复用。该软件包配有公开示例数据集、合成基准测试集以及归档的软件发行版本。通过将可复用的分析逻辑与项目特定配置分离，CellColoc 为社区驱动的显微成像工作流程提供了可扩展的基础，满足其对透明的逐细胞重叠分类、形态学指标输出以及可复用批量分析的需求。
利益冲突声明
作者声明不存在利益冲突。
版权
本预印本的版权持有人为作者／资助方，其已授予 bioRxiv 永久展示本预印本的许可。
本预印本依据以下许可协议提供：
CC-BY 4.0 国际许可协议
。
返回顶部
上一篇
下一篇
发布于2026年7月29日。
下载 PDF
电子邮件
感谢您有意帮助传播 bioRxiv 的内容。
注意：索取您的电子邮件地址仅用于确认您是本文的发送者。
您的电子邮件地址
*
您的姓名
*
收件人
*
请输入多个地址，每行一个，或以逗号分隔。
您将通过电子邮件发送以下内容
CellColoc：用于显微图像中细胞共定位、分割和特征提取的模块化开源工作流程
邮件主题
（您的姓名）从 bioRxiv 向您转发了一个页面
邮件正文
（您的姓名）认为您可能希望查看 bioRxiv 网站上的此页面。
您的个人留言
验证码
此问题用于验证您是否为人类访客，并防止自动提交垃圾信息。
分享
CellColoc：用于显微图像中细胞共定位、分割和特征提取的模块化开源工作流程
Fabrizio
Musacchio
，
Henrike
Antony
，
Arush
Baijal
，
Denise Marie
Hoffmann
，
Felix Christopher
Nebeling
，
Sophie
Crux
，
Martin
Fuhrmann
bioRxiv
2026.07.26.740771；
doi：
https://doi.org/10.64898/2026.07.26.740771
分享本文：
复制
引文工具
CellColoc：用于显微图像中细胞共定位、分割和特征提取的模块化开源工作流程
Fabrizio
Musacchio
，
Henrike
Antony
，
Arush
Baijal
，
Denise Marie
Hoffmann
，
Felix Christopher
Nebeling
，
Sophie
Crux
，
Martin
Fuhrmann
bioRxiv
2026.07.26.740771；
doi：
https://doi.org/10.64898/2026.07.26.740771
文献管理软件格式
BibTeX
Bookends
EasyBib
EndNote（带标签格式）
EndNote 8（xml）
Medlars
Mendeley
Papers
RefWorks 带标签格式
Ref Manager
RIS
Zotero
推文小组件
Facebook 点赞
Google Plus +1
学科领域
所有文章
动物行为与认知
(7834)
生物化学
(18320)
生物工程
(14499)
生物信息学
(43334)
生物物理学
(22077)
肿瘤生物学
(19196)
细胞生物学
(26318)
临床试验
(138)
发育生物学
(13706)
生态学
(20518)
流行病学
(2067)
进化生物学
(24967)
遗传学
(15913)
基因组学
(23107)
免疫学
(18303)
微生物学
(41552)
分子生物学
(17631)
神经科学
(91378)
古生物学
(683)
病理学
(2927)
药理学与毒理学
(4975)
生理学
(7923)
植物生物学
(15599)
科学传播与教育
(2073)
合成生物学
(4449)
系统生物学
(10047)
动物学
(2331)
关键词：荧光显微图像分析 · 细胞共定位 · 细胞分割 · 细胞特征提取 · 模块化工作流 · 可重复性分析
原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.26.740771v1?rss=1