1,079个翻译后修饰蛋白质体系的分子动力学描述符

内容形式：摘要译文

翻译后修饰（PTM）数据库收录修饰位点，并日益纳入静态结构背景信息；然而，基于轨迹的描述符仍分散于专用工具和通用分子动力学档案中。Dyna-MO PTM 汇集了 1,079 个以 AlphaFold 3 为起始依据构建的体系，涵盖赖氨酸乙酰化、赖氨酸和精氨酸单甲基化，以及丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸磷酸化。每个体系均关联三个已完成的 10 ns 重复模拟，这些模拟采用 CHARMM36m 和 TIP3P 生成，总采样时长为 32.37 s。一个包含 118 列的表格整合了模拟和质量控制的溯源信息，以及全局弛豫指标、位点溶剂暴露度、旋转异构体、二级结构和离子接触代理指标。版本化标识符将记录与起始结构、轨迹、清单和分析脚本关联起来。研究人员可利用该资源筛选 PTM 背景、复现描述符、确定开展更长时间模拟的优先对象，并评估轨迹分析或生成式方法。这些轨迹描述的是有限时间窗口内的弛豫过程，而非平衡自由能、动力学或匹配条件下的 PTM 效应。

关键词：翻译后修饰 · 分子动力学模拟 · 蛋白质结构 · 轨迹描述符 · 数据库资源

原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.23.746532v1?rss=1