SeqDesk：支持符合标准且遵循 FAIR 原则的（元）数据提交的测序设施管理系统

内容形式：摘要译文

实现 FAIR 合规既需要标准化元数据，也需要用于数据存储与提交的基础设施；然而在实际中，大量测序研究发表时仍未提供数据重用所依赖的持久且符合标准的元数据。收集符合 MIxS 要求的元数据十分复杂：针对不同环境的清单可能包含数百个字段；如果元数据不是在整个项目过程中持续采集，而是在论文发表时回溯性整理，这一工作量还会进一步增加。我们开发了 SeqDesk，这是一套面向测序机构的开源数据管理系统，其设计目标是让符合 FAIR 原则的公共数据成为日常运营的自然产出。该系统当前面向微生物测序数据，既涵盖宏基因组，也涵盖分离株基因组，并支持相应的 MIxS 清单。SeqDesk 为测序机构提供了可配置的测序项目订购与跟踪系统，在项目启动时采集并验证与 ENA 清单相一致、符合 MIxS 要求的元数据，通过 Nextflow 流程运行生物信息学分析，并在机构自有基础设施内代理向欧洲核苷酸档案库提交数据。通过将符合标准的元数据采集嵌入测序机构的工作流程，而不是在提交时再附加这一环节，SeqDesk 缩短了从样本到可重用公共数据的路径。其底层清单模型具有通用性，因此可将支持范围扩展至微生物领域之外的更多数据类型和元数据标准。SeqDesk 依据 Apache 2.0 许可证免费提供且为开源软件，访问地址为 https://seqdesk.org，在线演示地址为 https://seqdesk.org/#demo。

关键词：FAIR数据原则 · 元数据标准化 · 测序设施管理 · MIxS清单 · 宏基因组学 · 生物信息学流程

原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.08.05.743014v1?rss=1