通过全蛋白质组范围的脱靶图谱绘制与可推广的设计规则框架,系统降低TCR模拟疗法的风险

由 root 提交于 周六, 10/17/2026 - 05:35
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靶向肽-人类白细胞抗原(pHLA)复合物的TCR模拟(TCRm)抗体能够针对包括癌-睾丸抗原(CTAs)在内的细胞内抗原开展精准免疫治疗。然而,由于人类免疫肽组具有极其广泛的多样性,并伴随着相关的脱靶识别风险,实现高度特异性仍然面临挑战。在此,我们提出ValidaTe,这是一种用于pHLA靶向治疗药物脱靶风险进行蛋白质组尺度预测、验证与缓解的统一框架。ValidaTe将基于理性的靶点优先级排序、以肽为中心的结合分子筛选、全蛋白质组脱靶预测以及治疗性工程化整合为分层的风险降低流程。以癌-睾丸抗原MAGE-A4为概念验证对象,我们鉴定出具有更高特异性的TCRm抗体VR-4和VR-6,并证明该流程能够助力发现更安全的pHLA靶向结合分子。此外,ValidaTe为WiFi(Widened Fingerprint,拓宽指纹)工程化原则奠定了基础:该原则在三价T细胞接合器中理性组合具有互补脱靶指纹的TCRm,从而在保留强效靶标特异性活性的同时,最大限度地减少非预期相互作用。总体而言,这些研究结果建立了一个可推广的框架,用于理性开发更安全、选择性更高的pHLA靶向治疗药物。我们进一步讨论了正交蛋白质组学表征如何作为临床开发前转化安全性评估的最后一层,为该流程提供补充。

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靶向肽-人类白细胞抗原(pHLA)复合物的TCR模拟(TCRm)抗体能够针对包括癌-睾丸抗原(CTA)在内的细胞内抗原开展精准免疫治疗。然而,由于人类免疫肽组具有极大的多样性,并伴随着脱靶识别风险,实现高度特异性仍然面临挑战。在此,我们提出ValidaTe,这是一种用于蛋白质组规模脱靶风险预测、验证与缓解的统一框架,适用于pHLA靶向治疗药物的开发。ValidaTe整合了基于理性的靶点优先级排序、以肽为中心的结合分子筛选、全蛋白质组脱靶预测以及治疗分子工程化,形成分层式去风险工作流。以CTA MAGE-A4作为概念验证,我们鉴定出具有更高特异性的TCRm抗体VR-4和VR-6,并证明该工作流能够发现更安全的pHLA靶向结合分子。此外,ValidaTe为WiFi(Widened Fingerprint,扩展指纹)工程原理奠定了基础。该原理在三价T细胞接合器中合理组合具有互补脱靶指纹的TCRm抗体,从而在保持强效靶点特异性活性的同时,最大限度地减少非预期相互作用。总之,这些研究结果建立了一个可推广的框架,用于理性开发更安全、选择性更高的pHLA靶向治疗药物。我们还进一步讨论了正交蛋白质组学表征如何在临床开发前作为转化安全性评估的最后一层,对该工作流形成补充。

利益冲突声明

数名作者为BioCopy GmbH和/或BioCopy AG的员工,并可能持有BioCopy AG的股权和/或股票期权。BioCopy AG和/或BioCopy GmbH

持有涵盖 ValidaTe 平台相关方面的已授权专利和正在申请中的专利,包括本研究所述的 SCORE、EpiTox、EpiPredict 以及 TCRm 抗体。其余作者声明不存在任何利益冲突。

版权

本预印本的版权持有人为作者/资助方,其已授予 bioRxiv 永久展示该预印本的许可。

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关键词:TCR模拟抗体 · 肽-HLA靶向治疗 · 脱靶识别 · 蛋白质组学 · 治疗安全性

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