SOX2可通过结合DNA直接与染色质结合，或通过与其他染色质结合蛋白相互作用间接与染色质结合

内容形式：摘要译文

人们普遍认为，SOX2通过直接结合SOX基序来调控基因表达并促进染色质开放。为检验这一假设，我们构建了SOX2 DNA结合突变体，以确定SOX2的其他区域是否参与决定靶基因特异性。在细胞中外源表达时，该SOX2突变体[SOX2(G76P)]与表达水平升高的未修饰SOX2一样，均可显著改变转录组，但其调控的基因集合和基因网络与SOX2截然不同。与二者对转录组的差异性影响一致，ChIP-seq分析表明，SOX2与SOX2(G76P)主要结合于不同的基因组位点；基序分析则表明，SOX2主要结合于SOX基序，而SOX2(G76P)则在包括AP-1基序在内的非SOX基序处与染色质结合。此外，ATAC-seq分析表明，SOX2可显著提高染色质可及性，而SOX2(G76P)则不能。这些研究结果表明，SOX2(G76P)通过与包括AP-1复合物在内的其他染色质相关蛋白相互作用，以“搭便车”机制间接结合染色质。值得注意的是，我们还发现，SOX2和SOX2(G76P)均可结合于一部分相同的基因位点，这些位点包含多种不同的DNA基序，包括AP-1基序，但不含高置信度的SOX基序。总体而言，我们的研究为理解SOX2提供了新的视角，并得出两个重要结论：1）SOX2对靶基因的选择并非仅由其DNA结合结构域决定；2）SOX2不仅可通过结合SOX基序直接与染色质结合，还可通过与其他染色质相关蛋白相互作用，间接结合于一部分基因位点。

关键词：SOX2转录因子 · 染色质结合 · DNA结合突变体 · 染色质可及性 · AP-1复合物 · 转录调控

原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.09.02.748901v1?rss=1