肿瘤内细菌已成为肿瘤微环境中具有功能相关性的组成部分，但这些细菌群落与宿主基因表达之间的空间关系仍缺乏充分表征，部分原因在于方法学限制。现有用于微生物检测的空间转录组学方法依赖新鲜冷冻组织，因此无法覆盖在临床档案中占主导地位的FFPE标本。本文介绍了一种定制探针设计流程，靶向细菌16S rRNA的可变区，并与10X Genomics Visium CytAssist平台的探针法化学体系兼容，从而能够在FFPE组织中开展具有空间分辨率的细菌谱分析。将该方法应用于由6份FFPE结直肠癌肿瘤组织及癌旁正常组织标本组成的初步队列后，我们发现，将定制微生物探针整合至Visium工作流程能够保留宿主转录组结构，聚类分析也再现了预期的结肠细胞类型构筑。所有样本中均检测到细菌信号，且呈现空间模式化和局灶性分布；其中一份肿瘤样本的信号强度显著升高，并表现出独特的侵袭性分布模式，该模式由具有空间结构的拟杆菌属–Phocaeicola属（Bacteroides–Phocaeicola）和卟啉单胞菌属（Porphyromonas）信号驱动，二者在肿瘤内呈现不同的分布轨迹。这些发现证实了基于探针的空间宏转录组学在FFPE组织中的可行性，并为在具有临床相关性的样本中研究宿主–微生物组相互作用提供了一个可推广的框架。
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基于定制探针的空间转录组学可在 FFPE 结直肠癌组织中实现微生物组检测
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Rayyan Aburajab，
Jennifer L Karmouch，
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David W Craig
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https://doi.org/10.64898/2026.07.29.741338
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摘要
肿瘤内细菌已成为肿瘤微环境中具有功能意义的组成部分，但这些细菌群落与宿主基因表达之间的空间关系仍未得到充分阐明，部分原因在于方法学方面的限制。现有用于微生物检测的空间转录组学方法依赖新鲜冷冻组织，无法适用于临床档案中占主导地位的 FFPE 标本。在此，我们介绍了一种定制探针设计流程，靶向细菌 16S rRNA 的可变区，并与 10X Genomics Visium CytAssist 平台的探针化学兼容，从而能够♀♀♀♀♀♀
在FFPE组织中开展空间分辨的细菌谱分析。在由六份FFPE结直肠癌肿瘤组织及癌旁正常组织样本构成的试点队列中，我们发现，将定制微生物探针整合至Visium工作流程中能够保留宿主转录组结构，聚类分析也重现了预期的结肠细胞类型构成。所有样本中均检测到细菌信号，且呈现空间模式化的局灶性分布；其中一份肿瘤样本的信号强度显著升高，并呈现独特的侵袭性分布模式，这一模式由具有空间结构的Bacteroides-Phocaeicola和Porphyromonas信号驱动，二者在肿瘤内呈现不同的分布轨迹。这些发现证实了在FFPE组织中开展基于探针的空间宏转录组学分析的可行性，并为在相关临床样本中研究宿主与微生物组之间的相互作用提供了可推广的框架。
利益冲突声明
作者声明不存在利益冲突。
脚注
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE334323
https://github.com/COHCCC/aburajab-spatial-microbiome-crc-2025
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，
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，
Robert R
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2026.07.29.741338；
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https://doi.org/10.64898/2026.07.29.741338
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基于定制探针的空间转录组学可在 FFPE 结直肠癌组织中检测微生物组
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，
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2026.07.29.741338；
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https://doi.org/10.64898/2026.07.29.741338
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关键词：空间转录组学 · FFPE组织 · 结直肠癌 · 肿瘤内微生物组 · 定制探针 · 宿主-微生物组相互作用
原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.29.741338v1?rss=1