人类肠道16S rRNA微生物组数据差异丰度分析方法的分配置基准评估

内容形式：摘要译文

16S rRNA 数据差异丰度检验工具通常被视为彼此独立的方法，因此基准评估也相应地致力于确定哪种工具表现最佳。然而，每种工具都提供一系列配置，涉及不同的标准化、转换、参考选择和敏感性过滤方法，而这些配置对性能的具体影响却鲜少得到系统研究。我们对五种广泛使用的工具（MaAsLin 2、MaAsLin 3、edgeR、ALDEx2 和 ANCOM-BC2）的 18 种配置进行了基准评估，使用了植入信号的模拟群落和人类肠道谱数据，涵盖两种分类学分辨率及多个设计因素。配置所造成的性能差异与工具选择本身造成的差异一样大；两种工具的排名还取决于所比较的具体设置。个别参数表现为在截然相反的错误模式之间切换的开关，而非逐步调整；且可预先识别出影响较大的设置。这些特性在不同数据来源和分辨率下均可重现。我们的结果提出了一个考虑配置因素的框架，可据此将工具及其设置与队列、研究设计和特征分辨率相匹配，并表明只有报告分析所用的配置，差异丰度结果才具有可解释性。

关键词：16S rRNA测序 · 肠道微生物组 · 差异丰度分析 · 基准评估 · 分析配置

原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.09.01.748571v1?rss=1