重复元件锚定的增强子-启动子相互作用（REEPIs）塑造激素耐药性乳腺癌的调控图景

重复元件（REs）占人类基因组的一半以上，并日益被认为是重要的调控组分，但其在治疗耐药中的作用仍不明确。在本研究中，我们整合了CAGE和RADICL-seq技术，绘制了雌激素受体阳性乳腺癌细胞（MCF7）及其长期雌激素剥夺（LTED）衍生细胞中的调控元件和RNA–染色质相互作用图谱。我们鉴定出重复元件锚定的增强子–启动子相互作用（REEPIs），其定义为增强子和启动子位点均存在已注释的重复元件。在LTED细胞中，REEPIs富集ERV1和ERVL元件，并涉及与SP1–SMAD3和SP1–NFYC等转录因子组合相关的特定重复元件配对。在基因层面，这些REEPIs优先关联参与染色质重塑、DNA修复和谱系可塑性的基因。我们的研究揭示了一种由重复元件引导、与内分泌耐药过程中转录适应相关的调控架构，并将REEPIs确定为激素耐药性乳腺癌调控重编程中一个此前尚未得到充分研究的组成部分。

重复元件（REs）占人类基因组的一半以上，并日益被认为是重要的调控组分，但其在治疗耐药中的作用仍不明确。在本研究中，我们整合 CAGE 和 RADICL-seq 技术，绘制了雌激素受体阳性乳腺癌细胞（MCF7）及其长期雌激素剥夺（LTED）衍生细胞中的调控元件与 RNA–染色质相互作用图谱。我们鉴定出由重复元件锚定的增强子–启动子相互作用（REEPIs），其定义为增强子和启动子位点均存在已注释的重复元件。在 LTED 细胞中，REEPIs 富集 ERV1 和 ERVL 元件，并涉及与 SP1–SMAD3 和 SP1–NFYC 等转录因子组合相关的特定重复元件配对。在基因层面，这些 REEPIs 优先关联于参与染色质重塑、DNA 修复和谱系可塑性的基因。我们的研究揭示了一种与内分泌耐药中转录适应相关的、由重复元件引导的调控架构，并表明 REEPIs 是激素耐药性乳腺癌调控重编程中一个此前尚未得到充分研究的组成部分。

作者声明不存在利益冲突。

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关键词：重复元件 · 增强子-启动子相互作用 · 乳腺癌内分泌耐药 · RNA-染色质相互作用 · 转录调控重编程 · 内源性逆转录病毒元件

原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.09.09.750334v1?rss=1