排除已确认的变形链球菌扩增子序列变体(ASV)后猖獗性龋齿中菌斑微生物群落的重构:基于公开16S rRNA测序数据的分析

由 root 提交于 周六, 10/17/2026 - 12:07

内容形式:摘要译文

背景:目前越来越多的证据表明,龋病是一种生态性生物膜紊乱,而非由单一微生物导致。尽管变异链球菌(Streptococcus mutans)被认为与龋病发生密切相关,但龋病相关的菌斑群落差异是否在排除该菌后仍然存在,尚不明确。方法:我们重新分析了公开可用的龈上菌斑16S rRNA测序数据,数据来自88名学龄前儿童,其中44名患有猖獗性龋,44名无龋(BioProject PRJNA1141721)。经单端DADA2处理,共获得25,669个扩增子序列变体(ASV);其中一个ASV经eHOMD参考窗口流程确认属于变异链球菌。预先设定的主要分析在排除该ASV后比较Bray-Curtis群落组成。结果:两组的非变异链球菌群落组成存在差异(PERMANOVA pseudo-R²=0.0462,pseudo-F=4.16,P<0.001),且无证据表明多变量离散度不等(P=0.796);稀释分析得出了几乎相同的结果。Shannon多样性无显著差异(P=0.486)。在猖獗性龋组的44份样本中,有8份检出经确认的变异链球菌ASV;无龋组44份样本中则有42份检出,且该ASV在猖獗性龋组中的丰度较低。在经过流行率筛选的758个非变异链球菌ASV中,239个显示常规FDR校正后差异丰度显著;猖獗性龋组中偏倚校正后的丰度较低的ASV多于丰度较高的ASV(176个对63个);另有239个ASV被归类为结构性零值。个别ASV的发现对流行率筛选较为敏感。在存在强共线性的情况下,对变异链球菌丰度进行调整后,龋病组别与整体群落的关联减弱(边际pseudo-R²=0.0149,P=0.085)。结论:猖獗性龋与牙菌斑群落轻度但可重复的重组相关,在……之后。

排除一个已确认的 S. mutans ASV 后,并未发现相应的 Shannon 多样性差异。这些发现支持群落层面的生态学解释,但不能证明其在统计学上独立于 S. mutans,也不能确立单个分类群的因果作用。

关键词:口腔微生物群落 · 猖獗性龋 · 变异链球菌 · 扩增子序列变体 · 16S rRNA测序 · 菌斑生物膜

原文链接:https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.09.02.748957v1?rss=1