产蛋母鸡的肝脏在代谢和繁殖过程中发挥核心作用，在强烈的激素调控下合成卵黄前体物质。尽管肝脏具有重要的生理功能，目前仍缺乏成年鸡肝脏的高分辨率细胞参考图谱。本研究对来自8只成年产蛋母鸡的肝脏进行了单核RNA测序，构建了图谱，全面呈现其细胞组成和转录图谱。基于这一框架，我们鉴定出主要的肝脏细胞群，包括肝细胞、内皮细胞、胆管细胞、肝星状细胞及多种免疫细胞类型，揭示了总体上保守的脊椎动物肝脏结构。然而，我们未观察到肝细胞分区这一哺乳动物肝脏组织结构的关键特征，这与此前关于鸟类缺乏肝细胞分区的报道一致。重要的是，我们证明，采用纳入额外蛋白质编码基因和长链非编码RNA模型的扩展基因组注释，可显著提高转录本检出率，并提升单核数据集的细胞类型分辨率。这种分辨率的提升有助于基于标志物更准确地界定肝细胞亚群，并完善对肝脏细胞异质性的解读。在肝细胞中，我们发现了与脂质代谢和繁殖功能相关的转录特征各异的亚群，其中包括涉及CYP2C23A和CYP2C23B等细胞色素P450基因的雌激素响应程序。与此同时，我们还刻画了由驻留巨噬细胞和适应性免疫细胞构成的复杂免疫区室，凸显了禽类肝脏兼具代谢和免疫功能。总体而言，该图谱为……禽类肝脏生物学，并表明改进的基因组注释能够提升单细胞转录组研究中细胞异质性的分辨率与解读能力。关键词：鸡；肝脏；单核RNA测序；基因富集注释；Evercode WT
成年产蛋母鸡肝脏的单核图谱揭示代谢特化，并通过增强基因组注释提高细胞分辨率 | bioRxiv
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Fabien Degalez
doi：
https://doi.org/10.64898/2026.07.27.740890
Laetitia Lagoutte
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产蛋母鸡的肝脏在代谢和繁殖过程中发挥着核心作用，并在强烈的激素调控下支持蛋黄前体物质的合成。尽管肝脏具有重要的生理功能，但目前仍缺乏成年鸡肝脏的高分辨率细胞参考图谱。在本研究中，我们对来自8只个体的成年产蛋母鸡肝脏进行了单核RNA测序，构建了肝脏图谱，从而全面揭示其细胞组成和转录景观。
基于这一框架，我们鉴定出主要的肝脏细胞群，包括肝细胞、内皮细胞、胆管细胞、肝星状细胞以及多种免疫细胞类型，揭示了脊椎动物肝脏总体上保守的组织结构。然而，哺乳动物肝脏组织结构的一个关键特征——肝细胞分区——并未被观察到，这与既往关于鸟类缺乏肝细胞分区的报道一致。
重要的是，我们证明，采用包含额外蛋白质编码基因和长链非编码RNA模型的扩充基因组注释，能够显著改善转录本检测，并提高单核数据集中的细胞类型分辨率。这种分辨率的提升使基于标志物对肝细胞亚群进行更准确的归类成为可能，并进一步细化了对肝脏细胞异质性的解读。
在肝细胞中，我们发现了具有不同转录特征的
与脂质代谢和生殖功能相关的亚群，包括涉及细胞色素P450基因（如 CYP2C23A 和 CYP2C23B）的雌激素响应程序。同时，我们对由驻留巨噬细胞和适应性免疫细胞组成的复杂免疫区室进行了表征，突出了禽类肝脏在代谢和免疫方面的双重作用。
总体而言，该图谱为禽类肝脏生物学提供了高分辨率参考，并表明改进的基因组注释能够提升单细胞转录组研究中细胞异质性的分辨率和解读水平。
关键词：鸡；肝脏；单核RNA测序；基因富集注释；Evercode WT
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作者声明不存在利益冲突。
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法国国家农业、食品与环境研究院，
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成年产蛋母鸡肝脏的单核图谱揭示了代谢特化，并通过增强基因组注释提高了细胞分辨率
Laetitia
Lagoutte
,
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,
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Lebez
,
Guillaume
Cossard
,
Frederic
Lecerf
,
Yuna
Blum
,
Sandrine
lagarrigue
,
Fabien
Degalez
bioRxiv
2026.07.27.740890;
doi:
https://doi.org/10.64898/2026.07.27.740890
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成年产蛋母鸡肝脏的单核图谱揭示了代谢特化，并通过增强基因组注释提高了细胞分辨率
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,
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,
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,
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,
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,
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Degalez
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2026.07.27.740890;
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https://doi.org/10.64898/2026.07.27.740890
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