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研究目的：芋球茎发育依赖于碳水化合物代谢，但品种间的注释差异使基因组比较与表达数据的整合变得复杂。我们组装了GY2参考基因组，并分析了发育过程及不同组织的转录组，以在考虑序列信息的比较框架下表征球茎相关的转录特征。生成的数据资源：GY2基因组组装大小为2.309 Gb，包含14条伪染色体和20,063个主要基因模型。将GY2与LXY和Bun Long的基因组比较结果同涵盖球茎六个发育阶段及四种组织的RNA-seq数据集进行了整合。基因注释、基因组比较结果、处理后的表达矩阵和分析脚本见Data S1，图表源数据见Data S2。主要结果：GY2的14条伪染色体占组装总长度的98.83%；重叠群和支架的N50分别为11.55 Mb和182.12 Mb，基于单子叶植物BUSCO基因集评估的完整度为97.7%。通过基因组序列检索，候选组装特异性直系同源基因群的数量从1,820个减少至168个。共有11,884个基因在球茎不同发育阶段间的表达存在显著差异。在593个经严格筛选的球茎富集表达基因中，522个同时表现出发育响应性，其中包括20个选定的碳水化合物相关基因中的9个。资源用途：统一的GY2 v3基因标识符将基因组同源关系、共线性与基因水平的表达数据关联起来，为跨品种比较及球茎相关候选基因的优先筛选提供支持。
芋（Colocasia esculenta）染色体级基因组及球茎发育转录组图谱 | bioRxiv
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芋（Colocasia esculenta）染色体级基因组及球茎发育转录组图谱
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Xiaolin
Cai
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Fanglian
He
doi：
https://doi.org/10.64898/2026.10.11.758265
Xiaolin Cai
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研究目的：芋球茎发育依赖于碳水化合物代谢，但品种间的注释差异增加了基因组比较与表达数据整合的复杂性。我们组装了 GY2 参考基因组，并分析了发育过程及不同组织的转录组，以在考虑序列信息的比较框架下表征球茎相关的转录特征。
生成的数据资源：GY2 组装基因组大小为 2.309 Gb，包含 14 条伪染色体和 20,063 个主要基因模型。将与 LXY 和 Bun Long 的比较分析与球茎六个发育阶段及四种组织的 RNA-seq 数据集进行了整合。基因注释、基因组比较结果、处理后的表达矩阵和分析脚本见数据 S1，图表源数据见数据 S2。
主要结果：GY2 的 14 条伪染色体占组装序列的 98.83%；重叠群和支架的 N50 值分别为 11.55 Mb 和 182.12 Mb，基于单子叶植物 BUSCO 基因集评估的完整性为 97.7%。基因组序列检索减少了
候选组装特异性直系同源基因群从1,820个减少至168个。共有11,884个基因在球茎不同发育阶段的表达存在显著差异。在593个严格限定的球茎富集表达基因中，522个也表现出发育响应性，其中包括20个选定的碳水化合物相关基因中的9个。
资源用途：统一的GY2 v3基因标识符将基因组同源性、共线性与基因水平的表达信息关联起来，支持跨栽培品种比较以及球茎相关候选基因的优先筛选。
利益冲突声明
作者声明不存在利益冲突。
脚注
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1492760
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA756190
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1493089
已声明的资助方信息
国家自然科学基金委员会，
，32460756
版权
本预印本的版权所有者为作者／资助方，其已授予bioRxiv永久展示本预印本的许可。
本预印本依据
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发布于2026年10月13日。
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芋（Colocasia esculenta）染色体级基因组与球茎发育转录组图谱
Xiaolin
Cai
，
Fanglian
He
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2026.10.11.758265；
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https://doi.org/10.64898/2026.10.11.758265
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芋（Colocasia esculenta）染色体级基因组与球茎发育转录组图谱
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2026.10.11.758265；
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https://doi.org/10.64898/2026.10.11.758265
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关键词：芋基因组 · 染色体水平组装 · 比较基因组学 · 球茎发育 · 转录组分析 · 碳水化合物代谢
原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.11.758265v1?rss=1