曼彻斯特蛋白质组分析器：用于定量蛋白质组学分析的用户友好型平台

内容形式：摘要译文

Manchester Proteome Profiler（MPP）是一款开源的 R Shiny 应用程序，可简化定量蛋白质组学数据的下游分析。MPP 兼容来自 MaxQuant、FragPipe、Proteome Discoverer 以及其他自定义格式的分组蛋白强度表，为用户选定的实验条件提供集成式分析平台，涵盖数据过滤、归一化、插补、差异表达分析和聚类分析。MPP 支持单数据集和双数据集比较，集成了适用于亲和纯化和邻近标记实验的 SAINTexpress，并可对显著蛋白质列表进行下游分析，通过基因本体（Gene Ontology）、BioGRID 和 STRING 实现功能富集分析及相互作用网络分析。利用 KRAS 邻近生物素化数据集进行的基准测试表明，MPP 能够识别具有可重复性的差异表达蛋白聚类，并揭示具有生物学意义的模式，包括溶质载体转运蛋白和黏附分子的富集。凭借交互式可视化、可定制报告以及对复杂实验设计的支持，MPP 提供了一个新颖、灵活且用户友好的蛋白质组学数据探索与假设生成环境。

关键词：定量蛋白质组学 · 蛋白质组数据分析 · 差异表达分析 · 功能富集分析 · 蛋白质相互作用网络 · R Shiny应用

原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.05.14.725092v1?rss=1