脉络丛整合多组学图谱揭示上皮功能的保守分子程序

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脉络丛（ChP）是一种特化的上皮组织，负责脑脊液（CSF）的生成、血液-脑脊液屏障的维持，以及脑脊液携带的信号因子的调控。然而，尽管脉络丛在脑脊液稳态中发挥核心作用，不同物种和条件下脉络丛上皮功能的保守分子程序仍未得到充分阐明。本研究整合了八个小鼠和人类单细胞/单核 RNA 测序数据集，构建多物种脉络丛图谱，涵盖主要的上皮、基质、血管和免疫细胞群。跨数据集差异表达分析鉴定出一个保守的上皮基因程序，涉及离子转运、屏障功能、纤毛发生和分泌性信号传导，同时筛选出 CLIC6 和 VAT1L 等研究不足的基因。共表达网络分析解析出保守的上皮元程序，转录因子调控推断则鉴定出 OTX2、MSX1 和 GLIS3 等上皮基因表达的保守调控因子。我们还构建了全新的小鼠第四脑室脉络丛 Visium HD 空间转录组图谱，用于从独立角度验证上皮模块。最后，跨组织分析揭示脉络丛与视网膜色素上皮之间存在显著的转录重叠，包括共同表达的上皮基因和与 OTX2 相关的调控关系。综上，本研究界定了脉络丛上皮特化的保守分子程序，提出了有待功能研究验证的候选调控因子，并提供了用于研究脉络丛生理学的整合性跨物种与空间资源。

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Evan Dennis、Ethan Tieu、Stuart Benjamin Fass、Lorenzo F Ochoa、Qiang Li、Nicolas Pigadas、William C Davalan、Martin Kahn、Kyriakitsa Galani、Phan Q Duy、Baojian Phan、Neel H Mehta、Hector W Cure、Milica Nenadovich、Seth L Alper、Kwanghun Chung、Li-Huei Tsai、Manolis Kellis、Kristopher T Kahle

DOI：

https://doi.org/10.64898/2026.10.05.756688

Evan Dennis¹

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脉络丛（ChP）是一种特化的上皮组织，负责生成脑脊液（CSF）、维持血液-脑脊液屏障，并调节脑脊液携带的信号因子。然而，尽管脉络丛在脑脊液稳态中发挥着核心作用，不同物种和生理条件下脉络丛上皮功能的保守分子程序仍未得到充分界定。本研究整合了八项小鼠和人类单细胞/单核 RNA 测序数据集，构建了一个多物种脉络丛图谱，涵盖主要的上皮、基质、血管和免疫细胞群。跨数据集差异表达分析鉴定出一组保守的上皮基因程序，涉及离子转运、屏障功能、纤毛发生和分泌性信号传导，同时优先筛选出包括 CLIC6 和 VAT1L 在内的研究不足基因。共表达网络分析解析出保守的上皮元程序；转录因子调控推断则鉴定出 OTX2、MSX1 和 GLIS3 等上皮基因表达的保守调控因子。我们还构建了全新的小鼠第四脑室脉络丛 Visium HD 空间转录组图谱，以正交验证上皮模块。最后，跨组织分析揭示了脉络丛与视网膜色素上皮之间存在显著的转录重叠，包括共有的上皮基因以及与 OTX2 相关的调控关系。综上，本研究界定了脉络丛上皮特化的保守分子程序，提出了值得开展功能研究的候选调控因子，并提供了一个整合多物种与空间信息的资源，用于研究脉络丛生理学。

利益冲突声明

作者声明不存在……

利益冲突。

已申报的资助方信息

美国国立卫生研究院

R01 NS109358

U01 AG077227

版权

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bioRxiv

2026.10.05.756688

doi: https://doi.org/10.64898/2026.10.05.756688

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bioRxiv

2026.10.05.756688

doi：https://doi.org/10.64898/2026.10.05.756688

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关键词：脉络丛上皮 · 单细胞转录组 · 空间转录组 · 跨物种比较 · 上皮基因调控

原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.05.756688v1?rss=1