在免疫功能低下个体中，SARS-CoV-2 的宿主体内长期感染可伴随广泛的病毒进化，但新出现且频率随时间变化的突变会产生何种影响，仍难以预测。我们对一名晚期人类免疫缺陷病毒（HIV）感染者中持续近 90 天的 XBB.1.5.10 感染进行了表征。对研究第 43、48 和 70 天采集的样本进行全基因组等位基因频率追踪后发现，Spike 蛋白 N 端结构域（NTD）中跨越 138–145 位点的缺失突变，其频率分别为 33%、80% 和 96%。第 43 天和第 48 天检测到受体结合结构域（RBD）中跨越 373–378 位点的缺失-插入突变，但第 70 天未检出；第 48 天检测到的 nsp12 C464Y 突变频率约为 8%，至第 70 天升至 86%。我们根据纵向采集的样本重建了具有代表性的 Spike 和非 Spike 突变谱，并测试其对细胞进入和病毒 RNA 复制的影响。第 43 天和第 48 天样本对应的代表性 Spike 构建体较 XBB.1.5 的细胞进入能力更强。与缺少 RBD 缺失-插入突变的匹配构建体相比，该缺失-插入突变增强了细胞进入能力，尽管在第 70 天样本中未检测到这一突变。第 48 天的非 Spike 突变谱在所测试的复制子中支持最高水平的 RNA 复制。总体而言，等位基因频率追踪揭示了短暂出现的突变，以及在多个采样时间点中检测频率逐步升高的突变。功能测试表明，体外细胞进入能力或 RNA 复制水平的提高，并不必然预示这些突变会在宿主体内持续存在。
晚期 HIV 感染者长期 SARS-CoV-2 感染期间的全基因组宿主体内进化 | bioRxiv
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晚期 HIV 感染者长期 SARS-CoV-2 感染期间的全基因组宿主体内进化
Karina Perlaza，
Ishaan Dureja，
Diane Havlir，
Vivek Jain，
Jeffrey Whitman，
Monica Dayao，
Bryan Castillo-Rojas，
Julia Rosecrans，
Melanie Ott，
Carina Marquez，
Joseph L. DeRisi，
Taha Y. Taha
doi：
https://doi.org/10.64898/2026.10.07.756802
Karina Perlaza
1
Biohub旧金山，美国加利福尼亚州旧金山；
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Ishaan Dureja
3
Biohub旧金山，美国加利福尼亚州旧金山；
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Diane Havlir
4
加利福尼亚大学旧金山分校医学院 HIV、传染病与全球医学部，扎克伯格旧金山总医院，美国加利福尼亚州旧金山；
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Vivek Jain
4
加利福尼亚大学旧金山分校医学院 HIV、传染病与全球医学部，扎克伯格旧金山总医院，美国加利福尼亚州旧金山；
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Jeffrey Whitman
5
加利福尼亚大学旧金山分校检验医学系，美国加利福尼亚州旧金山；
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Monica Dayao
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Bryan Castillo-Rojas
3
Biohub San Francisco，美国加利福尼亚州旧金山；
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Julia Rosecrans
8
J. David Gladstone Institutes，美国加利福尼亚州旧金山；
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Melanie Ott
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Carina Marquez
4
加州大学旧金山分校医学院艾滋病毒、传染病与全球医学部，Zuckerberg San Francisco General Hospital，美国加利福尼亚州旧金山；
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Joseph L. DeRisi
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Taha Y. Taha
通讯作者：
taha.taha{at}ucsf.edu
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摘要
免疫功能低下者发生长期 SARS-CoV-2 感染时，宿主体内的病毒进化可能十分显著；但随着时间推移而出现并改变频率的突变所造成的影响仍难以预测。我们对一名晚期人类免疫缺陷病毒（HIV）感染者进行了研究，其 XBB.1.5.10 感染持续近 90 天。对研究第 43、48 和 70 天采集样本中的全基因组等位基因频率进行追踪后发现，刺突蛋白 N 端结构域（NTD）存在一个跨越第 138–145 位氨基酸残基的缺失，其频率分别为 33%、80% 和 96%。一个受体结合
受体结合域（RBD）跨越第373至378位残基的缺失-插入突变在第43天和第48天被检测到，但在第70天未被检测到；与此同时，nsp12 C464Y在第48天的检出频率约为8%，在第70天则为86%。我们根据纵向样本重建了具有代表性的Spike和非Spike突变谱，并测试了它们对细胞进入和病毒RNA复制的影响。第43天和第48天的代表性Spike构建体相较于XBB.1.5提高了进入效率。与缺少受体结合域缺失-插入突变的匹配构建体进行比较表明，该缺失-插入突变增强了进入效率，尽管在第70天样本中未检测到该突变。第48天的非Spike突变谱在所测试的复制子中支持最高水平的RNA复制。综上，等位基因频率追踪揭示了两类突变：一类为短暂出现的突变，另一类则是在连续采样时间点中以逐步升高的频率被检测到的突变。功能测试表明，体外进入效率或RNA复制水平的升高并不一定能够预测其在体内的持续存在。
利益冲突声明
T.Y.T.和M.O.是由Gladstone Institutes提交的一项专利申请的发明人，该专利涵盖使用pGLUE生成SARS-CoV-2感染性克隆和复制子的用途。M.O.是DirectBio, Inc.的联合创始人，并担任Invisishield Technologies LTD.的科学顾问委员会成员。所有其他作者声明不存在利益冲突。
已声明的资助方信息
Roddenberry Foundation
P. and E. Taft
Schmidt Futures
Gordon and Betty Moore Foundation
James B. Pendleton Charitable Trust
版权
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该预印本依据CC-BY-NC 4.0 International许可公开。
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发布于2026年10月8日。
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Karina Perlaza、Ishaan Dureja、Diane Havlir、Vivek Jain、Jeffrey Whitman、Monica Dayao、Bryan Castillo-Rojas、Julia Rosecrans、Melanie Ott、Carina Marquez、Joseph L. DeRisi、Taha Y. Taha
bioRxiv
2026.10.07.756802；
doi：
https://doi.org/10.64898/2026.10.07.756802
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一名晚期 HIV 感染者在 SARS-CoV-2 持续感染期间的全基因组宿主体内进化
Karina Perlaza、Ishaan Dureja、Diane Havlir、Vivek Jain、Jeffrey Whitman、Monica Dayao、Bryan Castillo-Rojas、Julia Rosecrans、Melanie Ott、Carina Marquez、Joseph L. DeRisi、Taha Y. Taha
bioRxiv
2026.10.07.756802；
doi：
https://doi.org/10.64898/2026.10.07.756802
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关键词：SARS-CoV-2宿主体内进化 · 晚期HIV感染 · 持续感染 · 全基因组突变追踪 · 病毒适应性 · RNA复制
原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.07.756802v1?rss=1