GeroEngine：生成式单细胞衰老轨迹揭示可双向 traversable 的身份核心与方向特异性炎症重塑

内容形式：摘要译文

单细胞RNA测序（scRNA-seq）能够以高分辨率描绘衰老组织，但该技术具有破坏性，无法进行纵向追踪；此外，受移不变线性模拟放大的掉零和零膨胀伪影，会混淆与年龄相关的变异性。我们开发了 GeroEngine，这是一种能够感知技术伪影的框架，整合了基于变分自编码器（VAE）的轨迹模拟、留一伪观测（LOPO）交叉验证、线性基线、反向遍历和反向定向网络推断。在小胶质细胞和造血干细胞（HSC）中，VAE 在保留轨迹异质性的同时，减少了技术伪影的携带，并改善了与伪影降低后的参考流形的对齐。共识 GeroTargets 和 GeroRegulators 界定了组织特异性的 GeroNetworks，其组织结构包含三个核心支柱：谱系／复制身份坍塌、具有性别二态性的内分泌／应激核心，以及炎症重塑。正向与反向模拟均与共同的“年轻→衰老”轴对齐后，揭示出一个符号一致且具有方向特异性的程序：身份／复制靶点在两个方向上均可被检出，而 MHC／NF-κB 炎症程序则主要在正向模拟中检出。这些结果支持将身份坍塌视为衰老过程中可深入追溯的核心，并提示应优先恢复上游稳态，而非抑制下游炎症。

关键词：单细胞衰老轨迹 · 变分自编码器 · 衰老模拟 · 细胞身份坍塌 · 炎症重塑

原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.08.731002v1?rss=1