从峰值到力量：色谱采样的系统评估揭示了 DIA 蛋白质组学中定量分析与生物学发现的决定因素

内容形式：摘要译文

现代数据非依赖采集（DIA）蛋白质组学日益重视大队列研究中的通量与深度，但方法优化往往依赖代理指标，可能掩盖可定量信号和统计效能的损失。本研究评估了每个色谱峰的数据点数及其他色谱特征如何共同影响定量结果和后续生物学发现。我们利用基质匹配校准曲线数据集，考察每个峰的数据点数（DPPP）对检出限和定量限（LOD/LOQ）的影响。降低 DPPP 对 LOD 的影响很小，却会显著损害 LOQ。特征建模与非参数关联分析表明，前体离子峰面积是特征层面预测 LOQ 的最强指标，而 DPPP 的影响较弱且取决于具体情境。色谱峰积分模拟重现了这些趋势：提高采样密度主要改善积分精度，而定量准确度则主要受峰高和峰形支配。最后，在比较经 Seer Proteograph 处理的 20 份癌症患者血浆样本与 20 份对照血浆样本时，我们发现 DPPP 降低会使低丰度前体蛋白失去统计学显著性。上述结果表明，DIA 优化应优先考虑 LOQ 和统计效能指标，而非仅关注鉴定数量；通过平衡采样密度与色谱峰高及峰质量，最大化获得有用的生物学信号。

关键词：数据非依赖采集 · 蛋白质组学 · 色谱采样密度 · 定量限 · 统计效能

原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.05.13.724964v1?rss=1