多层次分析揭示了由少数物种构成的乳品发酵剂微生物组中广泛存在的隐性种群复杂性

内容形式：摘要译文

低物种丰富度微生物组的基因组与表观基因组复杂性仍未得到充分表征。本研究整合了111个非冗余分离株基因组与深度长读长宏基因组数据，对一种尚未明确界定的中温型乳品发酵剂进行了研究。亲缘关系密切的分离株携带不同组合的发酵性状与噬菌体防御相关特征，包括表面多糖基因型、质粒、前噬菌体、防御系统及甲基化谱。宏基因组分析揭示了更多遗传元件，并推断了其宿主关联。然而，在核心基因组谱系和附属基因组组成方面，两种方法所获结果的重叠有限，凸显了它们虽互为补充、但均无法完整恢复群体信息；其中，宏基因组中丰度最高的细胞壁多糖基因型（占29.6%）在分离株中完全缺失。宏基因组甲基化特征支持了36项种水平的质粒—宿主归属，其中10个可检验案例中的9个得到了分离株基因组的佐证。我们的研究揭示了单独采用任一方法都难以发现的广泛组合多样性，为噬菌体抗性提供了合理的分子基础；但这些结果很可能仅反映了群体复杂性的下限。

关键词：乳品发酵剂 · 微生物群落遗传多样性 · 长读长宏基因组 · 噬菌体防御 · 质粒宿主关联 · DNA甲基化

原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.09.757929v1?rss=1