- 1次围观
干扰素基因刺激因子（STING）为开发从分子动力学（MD）轨迹中提取并比较残基对波动模式的方法提供了一个有参考价值的模型系统。我们将基于未结合状态 STING 训练的一维卷积自编码器与时间均值池化、马氏距离聚类及残基对相似性网络相结合，利用 25 维潜在描述符比较未结合、配体结合及 SAVI 相关多突变数据集。由能够捕捉状态依赖性波动模式的聚类构建的网络显示：配体结合数据集中的组织结构以 lid 区域为主，而多突变数据集中则呈现富集于 a1b1、在结构上分布较广且涉及残基 281 的关联关系。这些结果揭示了所分析轨迹中不同的残基对波动特征，并提供了一个可解释的框架，用于提出有关配体相关及突变相关动态变构的假设。
基于分子动力学的潜在空间残基对网络可区分配体激活型和SAVI相关型STING | bioRxiv
跳转至主要内容
主页
关于
投稿
提醒/RSS
搜索该关键词
高级搜索
最新结果
基于分子动力学的潜在空间残基对网络可区分配体激活型和SAVI相关型STING
查看ORCID档案
Yuko
Tsuchiya
，
查看ORCID档案
Yasushige
Yonezawa
doi：
https://doi.org/10.64898/2026.10.08.757787
Yuko Tsuchiya
1
产业技术综合研究所；
在Google Scholar中查找该作者
在PubMed中查找该作者
在本站搜索该作者
Yuko Tsuchiya的ORCID记录
通讯作者：
yuko.tsuchiya{at}aist.go.jp
Yasushige Yonezawa
2
近畿大学先进技术研究所
在Google Scholar中查找该作者
在PubMed中查找该作者
在本站搜索该作者
Yasushige Yonezawa的ORCID记录
摘要
信息/历史
指标
补充材料
预览PDF
摘要
干扰素基因刺激因子（STING）为开发从分子动力学（MD）轨迹中提取和比较残基对波动模式的方法提供了一个具有信息价值的模型系统。我们将基于无配体STING训练的一维卷积自编码器与时间平均池化、马氏距离聚类以及残基对相似性网络相结合，利用25维潜在描述符比较无配体、配体结合型和SAVI相关多突变体数据集。由能够捕捉状态依赖性波动模式的聚类构建的网络显示，配体结合型数据集呈现以盖状结构域为主导的组织模式，而多突变体数据集则呈现富集于a1b1、在结构上分布广泛且涉及残基281的关系。这些发现揭示了不同的残基对】【。
所分析轨迹中的涨落特征，并提供一个可解释的框架，用于针对配体相关和突变相关的动态变构现象提出假设。
利益冲突声明
作者声明不存在利益冲突。
资助信息
JSPS KAKENHI，JP21K12134
版权
本预印本的版权归作者/资助方所有；其已授予 bioRxiv 永久展示该预印本的许可。
本内容依据 CC-BY-ND 4.0 国际许可协议提供。
返回顶部
上一篇
发布于 2026 年 10 月 11 日。
下载 PDF
补充材料
电子邮件
感谢您有意帮助传播 bioRxiv 上的内容。
注意：系统仅要求提供您的电子邮件地址，以确认您是本文的发送者。
您的电子邮件
*
您的姓名
*
收件人
*
请输入多个地址，每行一个，或用逗号分隔。
您将发送以下内容：
基于分子动力学的潜在空间残基对网络可区分配体激活型与 SAVI 相关型 STING
邮件主题
（您的姓名）向您转发了 bioRxiv 网站上的一个页面
邮件正文
（您的姓名）认为您可能会对 bioRxiv 网站上的这个页面感兴趣。
个人留言
验证码
此问题用于测试您是否为真人访客，并防止自动垃圾信息提交。
分享
基于分子动力学的潜在空间残基对网络可区分配体激活型与 SAVI 相关型 STING
Yuko Tsuchiya，Yasushige Yonezawa
bioRxiv
2026.10.08.757787；
doi：https://doi.org/10.64898/2026.10.08.757787
分享本文：
复制
引文工具
基于分子动力学的潜在空间残基对网络可区分配体激活型与 SAVI 相关型 STING
Yuko Tsuchiya，Yasushige Yonezawa
bioRxiv
2026.10.08.757787；
doi：
https://doi.org/10.64898/2026.10.08.757787
引文管理器格式
BibTeX
Bookends
EasyBib
EndNote（标签格式）
EndNote 8（XML）
Medlars
Mendeley
Papers
RefWorks（标签格式）
Ref Manager
RIS
Zotero
推文组件
Facebook 点赞
Google +1
学科领域
所有文章
动物行为与认知
（8110）
生物化学
（18939）
生物工程
（15092）
生物信息学
（44965）
生物物理学
（22849）
癌症生物学
（19967）
细胞生物学
（27178）
临床试验
（138）
发育生物学
（14077）
生态学
（21277）
流行病学
（2067）
进化生物学
（25676）
遗传学
（16277）
基因组学
（23726）
免疫学
（18902）
微生物学
（42964）
分子生物学
（18237）
神经科学
（94487）
古生物学
（709）
病理学
（3014）
药理学与毒理学
（5149）
生理学
（8217）
植物生物学
（16165）
科学传播与教育
（2106）
合成生物学
（4610）
系统生物学
（10331）
动物学
（2408）
关键词：分子动力学 · STING信号通路 · 潜在空间表征 · 残基对网络 · 动态变构
原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.08.757787v1?rss=1