生物信息学软件在生物学研究中发挥着核心作用，但许多学术项目缺乏完善的测试与持续集成（CI）实践。这一缺失可能损害研究的可重复性、软件的可访问性以及长期可维护性。本研究对涵盖生物信息学及其他科学软件领域的 GitHub 仓库进行实证分析，以考察持续集成、软件测试与软件质量之间的关系。我们通过 GitHub 应用程序编程接口（API），使用领域特定的搜索词发现相关仓库。随后，我们采用分层数据提取流程，并纳入大型语言模型（LLM）验证环节，将仓库与已发表的研究成果、机构、作者、资助信息及引用次数关联起来。通过整合仓库活跃度、社区参与度和待办事项积压状况，构建综合仓库质量指数（RQI），我们发现，采用持续集成和软件测试与较高的仓库质量显著相关。此外，学术引用次数较高的仓库往往集中在 RQI 较高的层级，这表明，由规范测试与集成推动的软件质量与学术影响力及资助状况相关。这些结果表明，采用持续集成和软件测试等业界标准开发实践，是提升学术软件可持续性与影响力、拓展资助机会的一条切实可行的途径。
生物信息学软件在生物学研究中发挥着核心作用，但许多学术项目缺乏健全的测试和持续集成（CI）实践。这一缺失可能损害研究的可重复性、软件的可访问性以及长期可维护性。本研究对涵盖生物信息学及其他科学软件领域的 GitHub 仓库开展实证分析，以考察持续集成、软件测试与……之间的关系。
以及软件质量。我们通过 GitHub 的应用程序编程接口（API）使用特定领域的搜索词检索相关仓库。随后，我们采用分层数据提取流程，其中包括一个大型语言模型（LLM）验证步骤，将仓库与已发表的研究成果、机构、作者、资助信息及引用次数关联起来。通过整合仓库活动、社区参与度和待办事项积压情况，构建综合仓库质量指数（RQI），我们发现，采用持续集成（CI）和软件测试与更高的仓库质量显著相关。此外，学术引用次数较高的仓库往往集中在 RQI 较高的等级中，这表明，由规范测试与集成推动的软件质量，与学术影响力和资助状况相关。这些结果表明，采用持续集成和软件测试等行业标准开发实践，是提升学术软件可持续性与影响力、并拓展资助机会的一条切实可行的路径。
利益冲突声明
作者声明不存在利益冲突。
脚注
https://shiny.jakobilab.org/rqi
https://jakobilab.org/rqi-study
已声明的资助方信息
美国国家人类基因组研究所，
，R01HG013124
亚利桑那州生物医学研究中心
，RFGA2022-010-11
版权
本预印本的版权归作者/资助方所有；作者/资助方已授予 bioRxiv 永久展示该预印本的许可。
本文依据 CC-BY 4.0 国际许可协议
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发布于 2026 年 10 月 8 日。
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《科学软件中的持续集成与软件质量：对 GitHub 仓库的大规模实证分析》
Walker J.
Compton Mellon
、
Makena
Sy
、
Navya
Gangrade
、
Tobias
Jakobi
bioRxiv
2026.10.01.755028；
doi：
https://doi.org/10.64898/2026.10.01.755028
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《科学软件中的持续集成与软件质量：对 GitHub 仓库的大规模实证分析》
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2026.10.01.755028；
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关键词：持续集成 · 软件测试 · 软件质量 · 学术软件 · 可重复性
原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.01.755028v1?rss=1